Le nouveau musée fut construit entre les années 1935-38, inspiré par l’architecture des écoles de la période d’Entre-deux-guerres et la nouvelle exposition était prête en 1939. La nouvelle approche muséologique fut plus scientifique, car les moulages en plâtre ont été enlevés, les antiquités ont été placées par ordre chronologique et elles furent mieux étudiées. Or, l’exposition n’a pas eu le temps d’ouvrir ses portes au public. L’éclatement de la Seconde Guerre Mondiale a amené les responsables d’enfouiller les antiquités ou de les cacher à Athènes. L’Aurige a été “hébergé” dans les cryptes du Musée Archéologique d’Athènes et les statues chryséléphantines et le taureau en argent qui venaient d’être révélés dans un fossé par-dessous du dallage de la Voie Sacrée ont pris le chemin pour le trésor de la Banque Nationale.
Le Musée n’a pas pu rouvrir ses portes qu’après 1950, car, durant la Guerre Civile grecque, Delphes furent une zone militaire. Les antiquités se sont graduellement rentrées sur leurs emplacements et le public a pu visiter la nouvelle exposition.