Ένα από τα σπουδαιότερα κτίσματα του ιερού των Δελφών ήταν ο Θησαυρός των Αθηναίων, ένα είδος θησαυροφυλακίου της Αθήνας, όπου φυλάσσονταν τρόπαια από σημαντικές πολεμικές νίκες της πόλης και άλλα αντικείμενα που είχαν αφιερωθεί στο ιερό. Το μικρό αυτό κτήριο έστεκε σε καίριο σημείο στην Ιερά Οδό, ήταν δωρικού ρυθμού και κατασκευασμένο από παριανό μάρμαρο. Σύμφωνα με τον Παυσανία, κατασκευάσθηκε την επαύριο της μάχης του Μαραθώνα (490 π.Χ.), ώστε να επιδειχθεί στο πανελλήνιο ο θρίαμβος των Αθηναίων επί των Περσών. Μπροστά από τον Θησαυρό έστεκαν αγάλματα των δέκα επωνύμων ηρώων των αθηναϊκών φυλών, κατασκευασμένα από περσικά λάφυρα. Από τον πλούσιο γλυπτό διάκοσμο του Θησαυρού καλύτερα σώζονται οι μετόπες, που εκτίθενται σε ξεχωριστή αίθουσα του Μουσείου και συνιστούν δείγματα υψηλής πλαστικής στην τελευταία περίοδο της αρχαϊκής εποχής.

Στις μετόπες απεικονίζονται οι άθλοι δύο ηρώων, του Ηρακλή και του Θησέα. Ο πανελλήνιος ήρωας Ηρακλής παλεύει με το λιοντάρι της Νεμέας, την Κερυνίτιδα έλαφο, τον ληστή Κύκνο, ενώ αρκετές μετόπες είναι αφιερωμένες στην αρπαγή του κοπαδιού του Γυρηόνη. Ο Θησέας, ο Αθηναίος ήρωας στον οποίο αποδίδεται ο συνοικισμός της Αττικής και η ίδρυση της Αθήνας, μάχεται ενάντια στους ληστές (Κερκύωνα, Σκίρωνα, Προκρούστη)· επίσης απεικονίζονται η σκηνή της συνάντησής του με την Αθηνά και οι άθλοι του αφότου επέστρεψε στην Αθήνα (π.χ. ενάντια στον Μινώταυρο και τον Μαραθώνιο ταύρο). Εκτός από τους “ξεχωριστούς” τους άθλους, αμφότεροι οι ήρωες μάχονται με Αμαζόνες, ίσως σε μία αλληγορία της μάχης του Μαραθώνα. Με τον τρόπο αυτό, ο Θησέας αναδεικνυόταν ως ίσος του Ηρακλή και προβαλλόταν η καθοριστική συμβολή των Αθηναίων στην νίκη επί των Περσών.