Κατά την τριετία 1935-38 κτίστηκε το νέο μουσείο, εμπνευσμένο από την αρχιτεκτονική σχολείων του Μεσοπολέμου,  και η επανέκθεση ολοκληρώθηκε το 1939. Η νέα μουσειολογική προσέγγιση ήταν περισσότερρο επιστημονική, αφού καθαιρέθηκαν τα γύψινα εκμαγεία, τα αρχαία ταξινομήθηκαν χρονολογικά και μελετήθηκαν καλύτερα. Ωστόσο η έκθεση δεν πρόλαβε να ανοίξει για το κοινό. Το ξέσπασμα του Β’ Παγκοσμίου πολέμου οδήγησε τους ιθύνοντες να αποφασίσουν την κατάχωση των αρχαίων ή τη φυγάδευσή τους στην Αθήνα. Ο Ηνίοχος “φιλοξενήθηκε” στις κρύπτες του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου, ενώ τα χρυσελεφάντινα αγάλματα και ο αργυρός ταύρος, που είχαν μόλις αποκαλυφθεί σε λάκκο κάτω από την πλακόστρωση της Ιεράς Οδού, μεταφέρθηκαν στο θησαυροφυλάκιο της Εθνικής Τράπεζας.

Το Μουσείο δεν κατάφερε να ξανανοίξει τις θύρες του παρά μόνο μετά το 1950, αφού κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου πολέμου οι Δελφοί ήταν στρατιωτικοποιημένη ζώνη. Τα αρχαία επέστρεψαν σταδιακά στις θέσεις τους και  το ευρύτερο κοινό μπόρεσε να επισκεφθεί τη νέα έκθεση.