Στη χερσόνησο της Δεσφίνας υπάρχουν πολλές και σημαντικές αρχαιολογικές θέσεις όλων των περιόδων. Στο λόφο Καστρούλι, στη θέση Μεσόκαμπος, υπάρχει οχυρωμένος οικισμός των μυκηναϊκών χρόνων (13ος-12ος αι. π.Χ.). Το τείχος στο ανώτερο, ορατό τμήμα έχει πλάτος που κυμαίνεται μεταξύ 1,20 έως 1,40 μ. με τη χαρακτηριστική τοιχοποιία από μεγάλους λίθους. Στο εσωτερικό πλάτωμα διακρίνονται τα θεμέλια τοίχων, ενώ έχουν εντοπιστεί και τρεις συλημένοι τάφοι, από τους οποίους ένας ενδεχομένως ήταν θολωτός και δύο λάκκοι καλυμμένοι με μεγάλες σχιστολιθικές πέτρες. Μετά από μακρόχρονη εγκατάλειψη ο οικισμός πρέπει να κατοικήθηκε εκ νέου κατά τους αρχαϊκούς και κλασικούς χρόνους (και 6ος-5ος αι. π.Χ.). Κατά μία άποψη εδώ βρισκόταν η αρχαία Εχεδάμεια. Σχεδόν σύγχρονος, από τα τελευταία χρόνια της μυκηναϊκής περιόδου, είναι ο μικρός οικισμός στη θέση «Συκιά» (12ος-11ος αι. π.Χ.). Διαθέτει οχύρωση από μικρές και μεσαίου μεγέθους πέτρες, ενώ για τους χώρους κατοίκησης αξιοποιούνται κοιλότητες του βράχου στις οποίες προσαρμόζονται ισχυροί τοίχοι. Σε πολύ μικρή απόσταση ερευνήθηκε θαλαμωτός τάφος με δρόμο, η είσοδος του οποίου είχε σφραγιστεί με ξερολιθιά. Στο εσωτερικό βρέθηκαν αρκετές ταφές, καθώς και αριθμός αγγείων που δείχνουν ότι ο τάφος χρησιμοποιήθηκε και κατά τον 9ο αι. π.Χ. Στη θέση «Πρόσακος» εντοπίζεται ένας εκτεταμένος παράλιος οικισμός των ρωμαϊκών χρόνων (1ος-5ος αι. μ.Χ.). Στην εντός σχεδίου πόλης περιοχή της περιοχή της Δεσφίνας, καθώς και στα γύρω υψώματα, υπάρχουν σπηλαιώδη ορύγματα (θέσεις Αϊ Γιάννης Καλυβίτης, Προφήτης Ηλίας Αλμυρού, Άγιος Ανδρέας Βοϊδομονής) με ταφική χρήση. Στο ΒΑ άκρο της πόλης βρίσκεται ο μικρός βυζαντινός ναός των Ταξιαρχών στον τύπο της μονόκλιτης θολωτής βασιλικής. Ο απέριττος ναός διακοσμείται με τοιχογραφίες ιδιαίτερα υψηλής τέχνης: στο θόλο ευαγγελικές σκηνές, κατά μήκος του άξονα πλατειά διακοσμητική ταινία και στους τοίχους στενή ζώνη με προτομές μαρτύρων και πιο κάτω σειρά ολόσωμων αγίων. Η κτητορική επιγραφή μνημονεύει τα ονόματα των χορηγών που δαπάνησαν χρήματα για την ανακαίνιση και την τοιχογράφηση του ναού κατά τη βασιλεία του Ανδρονίκου Γ΄ Παλαιολόγου, το 1332. Σε απόσταση περίπου δύο χιλιομέτρων από τη Δεσφίνα βρίσκεται η Μονή του Αγίου Ιωάννη Προδρόμου, το οποίο αποτελεί μετόχι της Μονής Προφήτη Ηλία Παρνασσίδας. Η ίδρυσή της ανάγεται στην εποχή των Παλαιολόγων σε θέση διαφορετική από τη σημερινή, σε παρακείμενη ρεματιά, ενώ το σύγχρονο κτήριο ανεγέρθηκε το 1875. Με τη Μονή σχετίζονται σημαντικές προσωπικότητες της Επανάστασης του 1821. Εδώ εκάρη μοναχός ο Ησαΐας, ο επίσκοπος Σαλώνων, ο οποίος συνέβαλε τα μέγιστα στην ετοιμασία του αγώνα, ευλόγησε στις 24 Μαρτίου τα όπλα των ανδρών του Πανουργιά και στις 27 Μαρτίου όρκισε τους επαναστάτες στη Μονή του Οσίου Λουκά. Στη Μονή κατέφυγε σε νεαρή ηλικία ικέτης ο Ιωάννης Μακρυγιάννης, στην οποία αφιέρωσε ένα ασημένιο καντήλι.