Ήδη από τα πρώτα χρόνια της ρωμαϊκής κυριαρχίας, το ιερό των Δελφών έχει χάσει την πολιτική του δύναμη, με αποτέλεσμα τη μείωση των εισφορών και των σημαντικών αφιερωμάτων. Μέσα στη δίνη των πολεμικών συγκρούσεων ο χώρος απογυμνώνεται από τους θησαυρούς του που μεταφέρονται στη Ρώμη. Ωστόσο, μέσα στο κλίμα της παρακμής που επικρατούσε στο ιερό υπήρξαν Ρωμαίοι αυτοκράτορες που φρόντισαν για την επισκευή των μνημείων, την τόνωση της θρησκευτικής ζωής και την αναζωογόνηση των Πυθικών Αγώνων. Αρκετοί αυτοκράτορες παραχώρησαν προνόμια στους Δελφούς και οι Αμφικτύονες τους τίμησαν με αγάλματα, από τα οποία σώθηκαν μόνο οι ενεπίγραφες βάσεις. Τον 1ο αιώνα μ.Χ. ο Νέρωνας τιμήθηκε όχι μόνο με την έγερση ανδριάντα, αλλά και με την προσθήκη ανάγλυφης ζωφόρου στο προσκήνιο του θεάτρου με τους άθλους του Ηρακλή, με τον οποίο ταύτιζε ο αυτοκράτορας τον εαυτό του. Ο Δομιτιανός το 84 μ.Χ. επισκεύασε τον ναό και διαιώνισε την πράξη του με μία πομπώδη λατινική επιγραφή.

Πολλά από τα ρωμαϊκά έργα που βρέθηκαν κατά τη διάρκεια των ανασκαφών είναι μοναδικά ιστορικά μνημεία, όπως το ανάθημα του Αιμιλίου Παύλου, που φέρει το αρχαιότερο ιστορικό ανάγλυφο. Στην ανάγλυφη ζωφόρο του απεικονίζονται σκηνές από τη μάχη της Πύδνας το 168 π.Χ., που συμβολίζει την έναρξη της ρωμαϊκής κυριαρχίας στην Ελλάδα. Συγχρόνως, ένα εξαιρετικό έργο στην ιστορία του ελληνικού πορτραίτου αποτελεί το μαρμάρινο κεφάλι του Ρωμαίου στρατηγού-υπάτου, Τίτου Κοΐντιου Φλαμινίνου, ο οποίος το 197 π.Χ. νίκησε τον βασιλιά της Μακεδονίας Φίλιππο Ε’ και τιμήθηκε ως απελευθερωτής των ελληνικών πόλεων από την μακεδονική κυριαρχία.

Ένας από τους αυτοκράτορες που επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για το μαντείο των Δελφών ήταν και ο φιλέλληνας Αδριανός. Σήμερα σώζονται μόνο οι ενεπίγραφες βάσεις των πορτραίτων του, καθώς και το άγαλμα του ευνοούμενού του Αντινόου. Ο Αντίνοος, ένας πανέμορφος νέος από την Ασία, συνόδευσε τον αυτοκράτορα στους Δελφούς το 129 μ.Χ. Πνίγηκε στον ποταμό Νείλο και έκτοτε τιμήθηκε ως ημίθεος. Το άγαλμα των Δελφών είναι ένα από τα καλύτερα σωζόμενα αγάλματα του νέου. Αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα της τέχνης κατά την εποχή του Αδριανού, της οποίας βασικό χαρακτηριστικό ήταν η επάνοδος στα αρχαία ελληνικά πρότυπα.