Α’ Ιερός Πόλεμος: Ο ανταγωνισμός για το Κρισαίο πεδίο
Στις αρχές του 6ου αι. π.Χ. με αιτία την προσπάθεια ελέγχου της “ιεράς χώρας” (ή “Κιρραίας χώρας”) του Απόλλωνα από την Πυλαιο-δελφική Αμφικτυονία, στην οποία την πλειοψηφία είχαν οι Θεσσαλοί, έλαβε χώρα, με αντιπάλους τους κατοίκους της Κίρρας και τους Αμφικτυονείς, ο Α’ Ιερός πόλεμος, ο οποίος στις πηγές ονομάζεται Κίῤῥας ή Κρίσης αγών. Ο πόλεμος κατέληξε στην καταστροφή της πόλης. Με το τέλος του πολέμου οργανώνονται και οι πρώτοι Πυθικοί Αγώνες.
Η πλειοψηφία των ερευνητών δεν αμφισβητεί τη σύρραξη αυτή, αλλά δε συμφωνούν ως προς τα γεγονότα, όπως αυτά περιγράφονται στις πηγές, και εκφράζεται η άποψη ότι πολλά στοιχεία, όπως η ανάμειξη του Σόλωνα και η δεκαετής διάρκεια του πολέμου, κινούνται στο χώρο του μύθου. 

Με βάση τις πηγές, οι οποίες είναι μεταγενέστερες του πολέμου, ο πόλεμος ξεκίνησε με αφορμή τις πειρατικές επιδρομές των κατοίκων της Κίρρας εναντίον των προσκυνητών που μετέβαιναν στους Δελφούς. Το συμβούλιο των Aμφικτυόνων αποφάσισε να τιμωρήσει τους Kιρραίους.  Οι Θεσσαλοί Eυρύλοχος και Iππίας ήταν επικεφαλής της επίθεσης και οι Aθηναίοι έστειλαν ένα σώμα υπό την αρχηγία του Aλκμαίωνα, ενώ ο τύραννος της Σικυώνας Kλεισθένης απέκλεισε την πόλη από τη θάλασσα, και γι’ αυτό ανταμείφθηκε με το ένα τρίτο των λαφύρων. Τα κτήματα της πόλης απαγορεύτηκε να καλλιεργηθούν και αφιερώθηκαν στον Απόλλωνα, την Άρτεμη, τη Λητώ και την Αθηνά Προναία για να βόσκουν τα ζώα που προορίζονταν για θυσία. Oι Kιρραίοι κατέφυγαν στο ύψωμα της Kίρφης και οι τελευταίες εστίες αντίστασης εξουδετερώθηκαν μετά από πέντε χρόνια. Κατά τον Παυσανία σημαντικό ρόλο στη νίκη έπαιξε ο Σόλων, ο οποίος “επινόησε και το εξής τέχνασμα: το νερό του Πλείστου, που κατευθυνόταν με κανάλι στην πόλη, το έστρεψε προς άλλη κατεύθυνση. […] Τότε ο Σόλων έριξε στον Πλείστο ρίζες ελλεβόρου, και όταν βεβαιώθηκε ότι το νερό έχει δεχτεί αρκετή ποσότητα φαρμάκου, το έστρεψε πάλι στο αρχικό του κανάλι. Οι Κιρραίοι έπιναν αφρόντιστα το νερό και, εξαιτίας της  ακατάπαυστης διάρροιας που τους προκάλεσε, εγκατέλειψαν τη φρούρηση του τείχους” (Φωκικά 37,7).
Στα τέλη του 7ου αιώνα π.Χ., το μαντείο των Δελφών με την ανάμιξή του στον αποικισμό είχε αποκτήσει τέτοια φήμη, που δικαιολογούσε την προσπάθεια κάποιων πόλεων ή συνασπισμών να το θέσουν υπό τον έλεγχό τους. O Α’ Ιερός πόλεμος και η επακόλουθη αναδιοργάνωση της Aμφικτυονίας είχαν ως αποτέλεσμα να καταστούν οι Δελφοί το προνομιακό σημείο συνάντησης των αντιπάλων στη διάρκεια των πολέμων. Όπως μαρτυρούν και τα αρχαιολογικά ευρήματα, κατά τον 6ο αιώνα π.Χ. εντείνεται η παρουσία των Aθηναίων και των άλλων ιωνικών πόλεων στους Δελφούς. Τα Πύθια, που περιορίζονταν αρχικά σε μουσικούς αγώνες, αποκτούν αυτή την περίοδο πανελλήνια σημασία.

Δεύτερος Ιερός πόλεμος
Το 457 π.Χ., μετά την Μάχη των Οινοφύτων, οι Αθηναίοι έχοντας αποκτήσει τον έλεγχο της Βοιωτίας και της Φωκίδας αποφάσισαν να αποσπάσουν την πόλη των Δελφών από την Δελφική Αμφικτυονία και να την παραδώσουν στους Φωκείς. Ο βασικός λόγος ήταν η επιθυμία των Αθηναίων να ελέγξουν το ιερό, δηλαδή να κατέχουν την Προμαντεία, χρησιμοποιήθηκε όμως ως αφορμή η φιλοπερσική στάση που είχε δείξει η Αμφικτυονία. Η χρονολογία επανάκτησης του ιερού από τους Φωκείς μαρτυρείται από τα αργυρά νομίσματα που έκοψαν αυτοί και τα οποία φέρουν την κεφαλή του Απόλλωνα συνοδευόμενη από δάφνη ή λύρα. 

Το γεγονός αυτό προκάλεσε την αντίδραση της Σπάρτης, η οποία επίσης ήθελε την Προμαντεία, με αποτέλεσμα να ξεσπάσει το 448 π.Χ. ο δεύτερος ιερός πόλεμος μεταξύ Αθηναίων και Σπαρτιατών.
Ο πόλεμος είχε μικρή διάρκεια. Στα γεγονότα του πολέμου αναφέρεται κυρίως ο Θουκυδίδης (Α 112), σύμφωνα με τον οποίο οι Σπαρτιάτες έστειλαν στρατό στους Δελφούς και επανέφεραν την πόλη στην προηγούμενη κατάσταση. Αμέσως μετά ο Περικλής εξεστράτευσε ξανά στους Δελφούς και παρέδωσε την πόλη πάλι στους Φωκείς. Την ίδια πληροφορία δίνει και ο Πλούταρχος στο έργο του για τον βίο του Περικλή (Βίοι Παράλληλοι, Περικλής 21).
Οι Φωκείς κράτησαν το ιερό μέχρι το 421 π.Χ., οπότε με τη Νικίειο ειρήνη κατέστη ανεξάρτητο.

Τρίτος Ιερός Πόλεμος (356-346 π.Χ.)
Το 362 π.Χ. οι Φωκείς, σύμμαχοι τότε των Θηβαίων, αθέτησαν την υπόσχεσή τους να ενισχύσουν τον θηβαϊκό στρατό στην εκστρατεία του στην Πελοπόννησο. Οι Θηβαίοι αποφάσισαν να τους τιμωρήσουν κατηγορώντας τους στο Αμφικτυονικό Συνέδριο για ιεροσυλία επειδή είχαν καλλιεργήσει μέρος των ιερών κτημάτων των Δελφών. Το Αμφικτυονικό Συνέδριο το 356 π.Χ. αποφάσισε να τους επιβάλει βαρύ πρόστιμο, το οποίο οι Φωκείς αδυνατούσαν να πληρώσουν. Ο Φιλόμηλος από την πόλη Λέδων, σε συνέλευση που συγκάλεσαν, έπεισε τους Φωκείς να αντισταθούν και να καταλάβουν τους Δελφούς. Με τον τρόπο αυτό θα πετύχαιναν να ακυρώσουν την απόφαση εναντίον τους. Οι Φωκείς εξέλεξαν τον Φιλόμηλο στρατηγό με σκοπό να αναζητήσει εξωτερική βοήθεια από τους Σπαρτιάτες. Οι τελευταίοι, από παλιά εχθροί των Θηβαίων, πρόσφεραν στους Φωκείς το ποσό των 15 ταλάντων για να οργανώσουν στρατό, με τον οποίο κατόρθωσαν να καταλάβουν το ιερό των Δελφών. Ο Φιλόμηλος τότε οχύρωσε τους Δελφούς ενώ κατέστρεψε τον λίθο επάνω στον  ήταν καταγεγραμμένη η απόφαση για την τιμωρία των Φωκέων.
Αμέσως τα μέλη της Δελφικής Αμφικτυονίας υπό την ηγεσία της Θήβας κήρυξαν τον πόλεμο στους Φωκείς. Με τους τελευταίους συμμάχησαν οι Αθηναίοι, οι Σπαρτιάτες και οι τύραννοι των Φερών της Θεσσαλίας. Τον πρώτο χρόνο του πολέμου οι Λοκροί της Άμφισσας προσπάθησαν να καταλάβουν το Ιερό αλλά απωθήθηκαν από τις δυνάμεις του Φιλόμηλου. Ένα χρόνο μετά, στην μάχη που διεξήχθη κοντά στην Τιθορέα, εναντίον των Βοιωτών ο Φιλόμηλος σκοτώθηκε και τον διαδέχτηκε στην ηγεσία των Φωκέων ο Ονόμαρχος, ο οποίος, αξιοποιώντας χρήματα από τους θησαυρούς των Δελφών, έφτιαξε έναν ισχυρό μισθοφορικό στρατό και άρχισε να οχυρώνει τις Φωκικές πόλεις. Εκστράτευσε κατά των γειτονικών Επικνημιδίων Λοκρών καταλαμβάνοντας το Θρόνιο, κατά της Δωρίδας αλλά και της Βοιωτίας, καταλαμβάνοντας τον Ορχομενό. Στην συνέχεια στράφηκε εναντίον της Θεσσαλίας προκαλώντας για πρώτη φορά την παρέμβαση των Μακεδόνων.
Το 354 π.Χ. κινήθηκαν εναντίον τους οι Μακεδόνες του Φιλίππου, γεγονός που αποτέλεσε την πρώτη εμπλοκή των Μακεδόνων στα γεγονότα της νότιας Ελλάδας. Αρχικά οι Μακεδόνες ηττήθηκαν σε δύο μάχες από τους Φωκείς.  Το 355 π.Χ. ο Φίλιππος κατάφερε να επιβληθεί στους Φωκείς στην μάχη του Κρόκιου Πεδίου κοντά στον Παγασητικό κόλπο. Στη μάχη αυτή σκοτώθηκε ο Ονόμαρχος και τον διαδέχτηκε στην συνέχεια ο Φάυλλος. Ο Φίλιππος στη συνέχεια κινήθηκε κατά της Φωκίδας. Η κάθοδος των Μακεδόνων στην νότια Ελλάδα ανησύχησε τους Αθηναίους οι οποίοι έσπευσαν να αντιμετωπίσουν τους Μακεδόνες στις Θερμοπύλες και κατάφεραν να τους σταματήσουν. Την επόμενη χρονιά πέθανε ο Φάυλλος και στρατηγός των Φωκέων έγινε ο Φάλαικος. Υπό την ηγεσία του οι Φωκείς εκστράτευσαν αργότερα κατά της Βοιωτίας αλλά χωρίς επιτυχία. Κατόρθωσαν όμως στο διάστημα αυτό να διατηρήσουν τις κτήσεις τους. Η Φιλοκράτειος ειρήνη που υπογράφτηκε μεταξύ Αθηναίων και Μακεδόνων απομόνωσε τους Φωκείς που έμειναν χωρίς συμμάχους. Τελικά το 346 π.Χ. οι Φωκείς αναγκάστηκαν να παραδοθούν. Η ποινή που τους επιβλήθηκε ήταν πολύ σκληρή καθώς υποχρεώθηκαν να πληρώνουν 60 τάλαντα ετησίως για να ξεπληρώσουν τους θησαυρούς που αφαίρεσαν από τους Δελφούς, ενώ τους αφαιρέθηκαν και οι δύο ψήφοι που είχαν στο Αμφικτυονικό συνέδριο, οι οποίες δόθηκαν στους Μακεδόνες (Διόδωρος 23-27).

Τέταρτος Ιερός πόλεμος (339-338 π.Χ.)
Όταν ανοικοδομήθηκε το Ιερό του Απόλλωνα μετά τον Γ΄ Ιερό Πόλεμο, οι Αθηναίοι έστησαν πάλι το ανάθημα που είχαν ανεγείρει μετά τους Περσικούς πολέμους, στο οποίο κατηγορούσαν τους Θηβαίους για μηδισμό. Οι Λοκροί της Άμφισσας, παρακινημένοι από φιλιππίζοντες Θηβαίους, κατά τη διάρκεια του Αμφικτυονικού Συνεδρίου το 340 (ή 339) π.Χ. κατέθεσαν πρόταση καταδίκης των Αθηναίων σε πρόστιμο 50 ταλάντων με το αιτιολογικό ότι η αναστήλωση του αναθήματος σε περίοδο που οι Δελφοί κατέχονταν από τους Φωκείς αποτελούσε ασέβεια. Οι Αθηναίοι δια στόματος του Αισχίνη απέδειξαν ότι αντίθετα οι Αμφισσαίοι ήταν αυτοί που έπρεπε να κατηγορηθούν για ασέβεια, γιατί καταπάτησαν τα ιερά κτήματα των Δελφών. Το αμφικτυονικό συμβούλιο αποφάσισε τότε να συνέλθει εκτάκτως μετά από 2-3 μήνες. Αθηναίοι και Θηβαίοι δεν έστειλαν αντιπροσώπους. Η Δελφική Αμφικτυονία ανέθεσε την αρχηγία της εκστρατείας στον Φίλιππο που κατέλαβε την Άμφισσα και ήρθε αντιμέτωπος με τον συνασπισμό πόλεων της νότιας Ελλάδας που σχηματίστηκε για να τον αντιμετωπίσει. Ο Φίλιππος επικράτησε στην μάχη της Χαιρώνειας που σηματοδότησε και την απαρχή της Μακεδονικής ηγεμονίας σε όλη την Ελλάδα.