Ο ρόλος του Ιερού στον Β΄ Αποικισμό
Στα τέλη του 7ου αι. π.Χ. χρονολογούνται τα αρχαιότερα οικοδομήματα που συνδέονται με τη λατρεία του Απόλλωνα. Ωστόσο, αναθήματα που έχουν έρθει στο φως στους Δελφούς επιτρέπουν το συμπέρασμα ότι ήδη από τα τέλη του 10ου αι. π.Χ. το ιερό προσέλκυε προσκυνητές ακόμα και από μακρινούς τόπους. Η ανάπτυξη του ιερού συνδέεται στενά με δύο τομείς που χαρακτηρίζουν την κοινωνική και οικονομική εξέλιξη της ελληνικής κοινωνίας: με τον αποικισμό – και ιδιαίτερα τον λεγόμενο Β΄ Αποικισμό του 8ου-6ου αι. π.Χ. – και με τις κοινωνικές και πολιτειακές μεταρρυθμίσεις στο εσωτερικό των πόλεων, ιδιαίτερα με την τυραννίδα.
Ο ρόλος του ιερού των Δελφών στην ίδρυση των αποικιών υπήρξε σημαντικός. Θεωρείται ότι πριν από κάθε αποστολή για την ίδρυση αποικίας, η ενδιαφερόμενη πόλη έστελνε πρεσβεία στο ιερό, προκειμένου να ζητήσει χρησμό για την ενδεδειγμένη θέση της νέας πόλης. Δεν αποκλείεται η ίδια η μητρόπολη, δηλαδή η πόλη από την οποία ξεκινούσαν οι οικιστές, να είχε νωρίτερα λάβει την απόφαση για την ίδρυση μιας αποικίας και στο ιερό να υποβαλόταν απλώς αίτημα για την έγκριση της διαδικασίας. Σε κάθε περίπτωση, πάντως, οι πόλεις συμβουλεύονταν τον Απόλλωνα πριν επιχειρήσουν την ίδρυση μιας αποικίας. Ο χρησμός δινόταν προσωπικά στον οικιστή και  συνοδευόταν από πληρεξούσιο με το οποίο ο τελευταίος αναλάμβανε διάφορες λειτουργίες, όπως του βασιλιά, του θρησκευτικού αρχηγού, του στρατιωτικού ηγέτη και του νομοθέτη. Το ιερό συνέχιζε να επιβλέπει τις εξελίξεις στις αποικίες και μετά την ίδρυσή τους. Σε περιπτώσεις μάλιστα κοινωνικής κρίσης πρότεινε κάποιον ως κριτή, με σκοπό να μεσολαβήσει για την αποκατάσταση της τάξης. Τέτοια ήταν, για παράδειγμα, η περίπτωση του Δημώνακτος από τη Μαντίνεια, που στάλθηκε ως καταρτιστήρ (μεσολαβών κριτής) στην Κυρήνη.

Ο ρόλος του Ιερού στις κοινωνικοπολιτικές εξελίξεις εντός της Ελλάδας
Το δελφικό ιερό σε όλη τη διάρκεια της Αρχαϊκής περιόδου ήταν ενεργά και σταθερά αναμεμιγμένο στις κοινωνικοπολιτικές αλλαγές, ιδιαίτερα μάλιστα σε εκείνες που αφορούσαν στην κοινωνική οργάνωση. Πολύ στενούς δεσμούς με το ιερό διατηρούσε η Σπάρτη και παρά τις αμφιβολίες που υφίστανται σήμερα σχετικά με την ιστορικότητα του Λυκούργου και τις μεταρρυθμίσεις που του αποδίδονται, είναι βέβαιο πως, ήδη από τα χρόνια του Τυρταίου, ο ρόλος των Δελφών σε αυτές τις βαθιές αλλαγές ήταν σημαντικός (Ηρόδ. 1, 65; Πλούταρχος, Λυκούργος 29). 
Στενή φαίνεται ότι υπήρξε η σχέση των Δελφών και με την τυραννίδα, καθώς σε πολλές περιπτώσεις οι ιερείς υποστήριξαν τους τυράννους. Χαρακτηριστική είναι η ιστορία που μας παραδίδει ο Ηρόδοτος (5, 92) σχετικά με την προφητεία του Μαντείου για τον Κύψελο ως μελλοντικό τύραννο της Κορίνθου. Ανάλογη υποστήριξη είχε και ο Κύλων στην προσπάθειά του να γίνει τύραννος των Αθηναίων, απέτυχε όμως επειδή δεν ερμήνευσε το χρησμό σωστά (Θουκυδίδης 1, 126, 5). Υπήρξαν, όμως, και περιπτώσεις όπου το ιερό αντιτάχθηκε σε τυραννίδες, όπως συνέβη με τους Ορθαγορίδες στη Σικυώνα (Ηρόδ. 5, 67). 
Όταν η τυραννίδα είχε εξαντλήσει τη λειτουργία της και δεν ανταποκρινόταν πλέον στις αυξανόμενες απαιτήσεις των μεσαίων και κατώτερων στρωμάτων, το ιερό των Δελφών δεν δίστασε να πάρει σαφή θέση εναντίον της. Στην Κυρήνη, γύρω στο 550 π.Χ., κατά τη βασιλεία του Βάττου Γ΄, οι Κυρηναίοι, που είχαν γνωρίσει με τον προηγούμενο βασιλιά μεγάλες καταστροφές, «έστειλαν (απεσταλμένους) στους Δελφούς για να ρωτήσουν τι πολίτευμα να υιοθετήσουν για να ζήσουν με τον καλύτερο τρόπο. Η Πυθία τους πρόσταξε να φέρουν έναν νομοθέτη (καταρτιστήρα) από την Μαντίνεια της Αρκαδίας» (Αριστ., Πολιτικά 7, 1319 b 18-22). Παρόμοια ήταν η στάση του Μαντείου στην ύστερη τυραννίδα των Πεισιστρατιδών: υποστήριξε τους Αλκμεωνίδες, το κατεξοχήν αντίπαλο γένος τους, παρακίνησε τους Σπαρτιάτες να καταλύσουν την αθηναϊκή τυραννίδα και βοήθησε τον Κλεισθένη στην ομαλή μετάβαση από την τυραννίδα στη δημοκρατία.
Ανάμειξη είχαν οι Δελφοί και σε πολεμικές συγκρούσεις, όπως στην περίπτωση των Περσικών Πολέμων, κατά τους οποίους φαίνεται να κράτησαν, τουλάχιστον στην αρχή, φιλοπερσική στάση. 

Η ακμή και η αίγλη του πανελλήνιου ιερού
Από τον 8ο έως και τις αρχές του 5ου αι. π.X. το ιερό των Δελφών βρίσκεται στην ακμή της ισχύος και της επιρροής του. Όσο συχνότερα απευθύνονταν σε αυτό για συμβουλές ή πληροφορίες τόσο εμπλουτίζονταν οι ειδικές γνώσεις του σε ζητήματα γεωγραφίας, πολιτικών ισορροπιών και κοινωνικών εντάσεων. Οι αποικισμοί διεύρυναν την επιρροή και τη φήμη του και ενίσχυσαν την ηγετική του θέση ως πανελλήνιου ιερού. Εξάλλου, τόσο οι αποικίες όσο και οι τύραννοι διαφόρων πόλεων εμπλούτιζαν το ιερό με αφιερώματα και ιερές πρεσβείες. Αν και συντηρητικό σε θρησκευτικά και λατρευτικά ζητήματα, το ιερό υποστήριζε σχεδόν πάντα τις αλλαγές που επέβαλλαν οι κοινωνικές ανάγκες. Η χρησμοδοσία του Απόλλωνα συνδεόταν με τη νομοθεσία των πόλεων, προσδίδοντάς της αυθεντία, και οι Δελφοί αναλάμβαναν τον ρόλο εγγυητή της κοινωνικής γαλήνης. Το ιερό δεν προσέδιδε στους κυβερνώντες κύρος επικαλούμενο θεϊκή εντολή, υποστήριζε όμως τις αποφάσεις τους, προσθέτοντας νομιμοποιητικό χαρακτήρα. 

Τα πρώτα ναϊκά οικοδομήματα 
Η αρχαϊκή εποχή αποτελεί την απαρχή της διαμόρφωσης του ιερού χώρου των Δελφών με τη μορφή που γνωρίζουμε σήμερα. Στο χώρο του τεμένους της Αθηνάς Προναίας ανεγέρθηκε ο πρώτος πώρινος ναός, που εγκαταλείφθηκε αργότερα λόγω φθοράς από σεισμούς. Αντίστοιχα και στο τέμενος του Απόλλωνα ανεγέρθηκε ο πρώτος ιστορικά τεκμηριωμένος ναός, επίσης από πωρόλιθο. 

Τα αφιερώματα των αρχαϊκών χρόνων (8ος και 7ος αι. π.Χ.) 
Στο τέλος του 8ου αι. π.Χ., μαζί με τα αφιερώματα από όλα τα μέρη της Ελλάδας, καταγράφονται στους Δελφούς και οι πρώτες εισαγωγές από την Ανατολή. Πρόκειται για αντικείμενα που φέρνουν μαζί τους οι Έλληνες ναυτικοί από το εσωτερικό της Ασίας διαμέσου των ελληνικών εμπορικών σταθμών της βόρειας Συρίας (Αl Mina, Τύρος) και των ενδιάμεσων νησιών της Κρήτης, της Κύπρου, της Ρόδου. Στον επόμενο αιώνα ένα πλήθος πολυτελών έργων μεταλλοτεχνίας με νέες τεχνικές και διακοσμητικά θέματα, που είτε προέρχονται από τις χώρες της Εγγύς Ανατολής με τους πανάρχαιους πολιτισμούς των Ασσυρίων, των Χετταίων, του κράτους των Ουραρτού (Αρμενία), ή αποτελούν απομιμήσεις ανατολικών προτύπων, κατακλύζουν το ιερό του Απόλλωνα. Μεταξύ των πρώιμων προσφορών των πιστών δεσπόζουσα θέση έχουν οι χάλκινοι τρίποδες. Στους Δελφούς, ο τρίποδας έχει ιδιαίτερη συμβολική αξία, διότι συνδέεται με τη μαντική ικανότητα του Απόλλωνα και τη διαδικασία χρησμοδοσίας, δεδομένου ότι η Πυθία μπορεί να συλλάβει και να μεταφέρει τη θεϊκή γνώση μόνον όταν κάθεται στον τρίποδα που τη συνδέει με τις χθόνιες δυνάμεις. 

Οι ναοί του 6ου αιώνα π.Χ. 
Στα μέσα του 6ου αι. π.Χ. ο αρχικός ναός του Απόλλωνα καταστρέφεται μάλλον από σεισμό. Λίγο αργότερα, το επιφανές γένος των Αλκμεωνιδών της Αθήνας αυτοεξορίζεται, έπειτα από ανεπιτυχή προσπάθεια να εμποδίσει τον Πεισίστρατο να εγκαθιδρύσει τυραννίδα στη γενέτειρά τους, και καταφεύγει στους Δελφούς. Οι Αλκμεωνίδες, προφανώς επιδιώκοντας να παίξουν ξανά ρόλο στα πολιτικά πράγματα και να δημιουργήσουν συμμαχίες, αναλαμβάνουν να συγκεντρώσουν χρήματα από όλες τις ελληνικές πόλεις για την ανοικοδόμηση νέου ναού, τον οποίο ολοκληρώνουν το 510 π.Χ. Αντίστοιχα και στο τέμενος της Αθηνάς Προναίας οικοδομείται νέος πώρινος ναός, σε αντικατάσταση του προηγούμενου ο οποίος επίσης είχε γκρεμιστεί από κατολισθήσεις. 

Τα αφιερώματα του 6ου αι. π.Χ. 
Τον 6ο αι. π.Χ. οι Δελφοί ζουν περίοδο μεγάλης ευημερίας. Το 590 π.Χ. και ως αποτέλεσμα του Α΄ Ιερού πολέμου η περιοχή της Κρίσσας αφιερώνεται στον Απόλλωνα, με αποτέλεσμα να αυξηθεί η ακίνητη περιουσία του ιερού. Δεδομένου ότι είναι η περίοδος που η πολιτική ισχύς του ιερού μεγαλώνει, οι ηγεμόνες βρίσκουν την ευκαιρία να αναδείξουν τον πλούτο και τη δύναμή τους με πολυδάπανα αναθήματα, αγάλματα ή και ολόκληρα οικοδομήματα. Οι πολυάριθμοι προσκυνητές είχαν έτσι την ευκαιρία να θαυμάσουν την καλλιτεχνική αξία των αφιερωμάτων.
Στη διάρκεια του 6ου αιώνα, κατά μήκος της Ιεράς Οδού, που οδηγούσε στο ναό του Απόλλωνα, ανεγείρονται οι πρώτοι Θησαυροί. Πρόκειται για μικρά οικοδομήματα-αφιερώματα στον θεό, που στο εσωτερικό τους φυλάσσονταν πολύτιμα αναθήματα της δωρήτριας πόλης. Ο πρώτος θησαυρός που οριοθετούσε τη μία πλευρά της Άλω, ήταν αυτός των Κορινθίων. Τον αφιέρωσε ο τύραννος της πόλης, Κύψελος, εγκαινιάζοντας μια παράδοση που ακολουθήθηκε αρχικά και από άλλες δυναστικές οικογένειες, αλλά και από τις ίδιες της πόλης. 
Περί το 560 π.Χ. χρονολογείται το μονόπτερο οικοδόμημα που αφιερώθηκε από την Σικυώνα. Μία δωρική ζωφόρος με μετόπες και τρίγλυφα διακοσμούσε το επάνω μέρος του. Τα γλυπτά αυτού του Θησαυρού αποτελούν εξαιρετικό δείγμα της ξακουστής στην αρχαιότητα αρχαϊκής τέχνης της Σικυώνας, καθώς ο ζωγραφικός χαρακτήρας με τα ακριβή περιγράμματα και τις λεπτομέρειες των μορφών κυριαρχεί έναντι του πλαστικού. Τμήματα της ζωφόρου αυτής ανακαλύφθηκαν στα θεμέλια του μεταγενέστερου ναού των Σικυωνίων. Όσο για την πρωταρχική χρήση του μονόπτερου, έχει διατυπωθεί η άποψη ότι χρησίμευε ως στέγαστρο για το άρμα με το οποίο ο Κλεισθένης νίκησε στις αρματοδρομίες των Πυθίων του 582 π.Χ. 
Δίπλα στα αυστηρά δωρικά οικοδομήματα που έκτισαν στο ιερό των Δελφών οι πόλεις της ηπειρωτικής Ελλάδας, ο Θησαυρός των Σιφνίων, που χρονολογείται γύρω στο 525 π.Χ., εκπροσωπεί την τεχνοτροπία της ανατολικής νησιωτικής Ελλάδας και τον πλούσιο σε διακόσμηση ιωνικό ρυθμό. Τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα επιτρέπουν τη λεπτομερή αναπαράστασή του. Στην πρόσοψη, στη θέση των δύο κιόνων ανάμεσα στις παραστάδες, δύο γυναικείες μορφές υποστήριζαν το επιστύλιο, προαναγγέλλοντας τις αντίστοιχες, τις λεγόμενες Καρυάτιδες, του Ερεχθείου.
Στο τέμενος της Αθηνάς Προναίας λίγο πριν την αυγή του 5ου αι. π.Χ. οι πολίτες της μακρινής Μασσαλίας, αποικίας της μικρασιατικής πόλης Φώκαιας, αναθέτουν έναν κομψότατο θησαυρό με εξαιρετικό γλυπτό διάκοσμο, ίσως ευχαριστώντας τη θεά για τη νίκη τους επί των Λιγύων. 
Από πλευράς κινητών μνημείων, πρώτο το Άργος αφιερώνει δύο όμοια υπερμεγέθη αγάλματα. Πρόκειται για το παλαιότερο μνημειακό ανάθημα των Δελφών και ένα από τα πρώτα δείγματα της «μεγάλης» αρχαϊκής πλαστικής, που φέρουν την υπογραφή του Αργείου γλύπτη Πολυμήδη. Αποτελούν ένα πραγματικό ζευγάρι, πράγμα σπάνιο για την ελληνική τέχνη. Ταυτίστηκαν αρχικά με δύο ρωμαλέα και ευσεβή αδέλφια από το Άργος, τον Κλέοβι και το Βίτωνα, που ζεύτηκαν το άρμα της ιέρειας μητέρας τους για να τη μεταφέρουν στο ναό της Ήρας. Σύμφωνα με νεότερες έρευνες ωστόσο τα δύο αγάλματα ταυτίζονται με τους Διόσκουρους, που η λατρεία τους ήταν διαδεδομένη στην Πελοπόννησο.
Γύρω στο 560 π.Χ., το πλούσιο νησί των Κυκλάδων, η Νάξος, στέλνει μεγαλειώδη προσφορά στον Απόλλωνα των Δελφών. Είναι το άγαλμα της μυθικής Σφίγγας που, με το κολοσσιαίο μέγεθος, την επιβλητική μορφή και θέση της στο ιερό, κοντά στο βράχο της Σίβυλλας, υπογραμμίζει την πολιτική και καλλιτεχνική υπεροχή της Νάξου στην αρχαϊκή εποχή. Το δαιμονικό πλάσμα με το γυναικείο πρόσωπο και το αινιγματικό χαμόγελο, το σώμα λιονταριού και τα φτερά πτηνού, καθόταν πάνω στο κιονόκρανο πανύψηλου ιωνικού κίονα που θεωρείται το αρχαιότερο στοιχείο ιωνικού ρυθμού στους Δελφούς. Το κολοσσιαίο μέγεθός της και το ύψος από όπου έλεγχε το δελφικό τοπίο πρέπει να ασκούσε δέος στους προσκυνητές της Αρχαϊκής περιόδου.
Από την ίδια περίοδο προέρχονται και τα περίφημα χρυσελεφάντινα αναθήματα που απεικονίζουν τον Απόλλωνα και την Άρτεμη. 
Τα διασημότερα αφιερώματα, που περιγράφονται λεπτομερώς από τον Ηρόδοτο (Α, 1.51), είναι τα αναθήματα του Λυδού βασιλιά Κροίσου. Τα αναθήματα αυτά περιλάμβαναν δύο υπερμεγέθεις κρατήρες, έναν αργυρό κι έναν χρυσό, τέσσερις αργυρούς πίθους, δύο περιρραντήρια, επίσης χρυσό και αργυρό αντίστοιχα, κι ένα χρυσό άγαλμα γυναίκας, που πίστευαν ότι εικόνιζε την αρτοποιό του. Κάποια από αυτά τα αναθήματα καταστράφηκαν από πυρκαγιά, ενώ όσα σώθηκαν εκτίθεντο στον θησαυρό των Κλαζομενίων και στον θησαυρό των Κορινθίων:
ἐπιτελέσας δὲ ὁ Κροῖσος ταῦτα ἀπέπεμπε ἐς Δελφούς, καὶ τάδε ἄλλα ἅμα τοῖσι, κρητῆρας δύο μεγάθεϊ μεγάλους, χρύσεον καὶ ἀργύρεον, τῶν ὁ μὲν χρύσεος ἔκειτο ἐπὶ δεξιὰ ἐσιόντι ἐς τὸν νηόν, ὁ δὲ ἀργύρεος ἐπ᾽ ἀριστερά. [2] μετεκινήθησαν δὲ καὶ οὗτοι ὑπὸ τὸν νηὸν κατακαέντα καὶ ὁ μὲν χρύσεος κεῖται ἐν τῷ Κλαζομενίων θησαυρῷ, ἕλκων σταθμὸν εἴνατον ἡμιτάλαντον καὶ ἔτι δυώδεκα μνέας, ὁ δὲ ἀργύρεος ἐπὶ τοῦ προνηίου τῆς γωνίης, χωρέων ἀμφορέας ἑξακοσίους· ἐπικίρναται γὰρ ὑπὸ Δελφῶν Θεοφανίοισι. [3] φασὶ δὲ μιν Δελφοὶ Θεοδώρου τοῦ Σαμίου ἔργον εἶναι, καὶ ἐγὼ δοκέω· οὐ γὰρ τὸ συντυχὸν φαίνεταί μοι ἔργον εἶναι. καὶ πίθους τε ἀργυρέους τέσσερας ἀπέπεμψε, οἳ ἐν τῷ Κορινθίων θησαυρῷ ἑστᾶσι, καὶ περιρραντήρια δύο ἀνέθηκε, χρύσεόν τε καὶ ἀργύρεον, τῶν τῷ χρυσέῳ ἐπιγέγραπται Λακεδαιμονίων φαμένων εἶναι ἀνάθημα, οὐκ ὀρθῶς λέγοντες· [4] ἔστι γὰρ καὶ τοῦτο Κροίσου, ἐπέγραψε δὲ τῶν τις Δελφῶν Λακεδαιμονίοισι βουλόμενος χαρίζεσθαι, τοῦ ἐπιστάμενος τὸ οὔνομα οὐκ ἐπιμνήσομαι. ἀλλ᾽ ὁ μὲν παῖς, δι᾽ οὗ τῆς χειρὸς ῥέει τὸ ὕδωρ, Λακεδαιμονίων ἐστί, οὐ μέντοι τῶν γε περιρραντηρίων οὐδέτερον. [5] ἄλλα τε ἀναθήματα οὐκ ἐπίσημα πολλὰ ἀπέπεμψε ἅμα τούτοισι ὁ Κροῖσος, καὶ χεύματα ἀργύρεα κυκλοτερέα, καὶ δὴ καὶ γυναικὸς εἴδωλον χρύσεον τρίπηχυ, τὸ Δελφοὶ τῆς ἀρτοκόπου τῆς Κροίσου εἰκόνα λέγουσι εἶναι. πρὸς δὲ καὶ τῆς ἑωυτοῦ γυναικὸς τὰ ἀπὸ τῆς δειρῆς ἀνέθηκε ὁ Κροῖσος καὶ τὰς ζώνας.

Η αυγή της κλασικής περιόδου σημαδεύτηκε από τους Περσικούς Πολέμους, οι οποίοι  δεν άφησαν αλώβητους και τους Δελφούς, αν και το ιερό φαίνεται ότι είχε τηρήσει φιλοπερσική στάση, δίνοντας δυσοίωνους χρησμούς στις ελληνικές πόλεις που συγκρούονταν με την περσική αυτοκρατορία. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, το 480 π.Χ. οι Πέρσες, στην καθοδική τους πορεία μετά τη νίκη τους στις Θερμοπύλες, έστειλαν ένα εκστρατευτικό σώμα προς τους Δελφούς, προκειμένου να λεηλατήσουν το ιερό. Οι κάτοικοι της περιοχής λέγεται ότι κατέφυγαν στο Κωρύκειο Άντρο, το οποίο ήταν δύσκολα ανιχνεύσιμο. Ωστόσο, ο περσικός στρατός δεν έφτασε ποτέ στο ιερό, διότι καταδιώχθηκε από δύο τοπικούς ήρωες, τον Φύλακο και τον Αυτόνοο. Η παράδοση πάλι λέει πως δύο κορυφές του Παρνασσού έπεσαν και καταπλάκωσαν τους Πέρσες. 

Οι Δελφοί παρέμειναν αυτόνομοι  ως το 448 π.Χ., όταν οι Φωκείς με τη βοήθεια των Αθηναίων προσπάθησαν να εντάξουν την πόλη στο Φωκικό Κοινό. Η προσπάθεια αυτή συνάντησε τη σθεναρή αντίσταση των Σπαρτιατών, με αποτέλεσμα να ξεσπάσει ο Β΄ Ιερός Πόλεμος. Ωστόσο, οι Φωκείς κατόρθωσαν τελικά να ελέγξουν τους Δελφούς, καθιερώνοντας ένα status quo που διατηρήθηκε ως το 421 π.Χ. Τότε, στο πλαίσιο του Πελοποννησιακού Πολέμου και της ταπεινωτικής για τους Αθηναίους Νικίειου Ειρήνης, οι Δελφοί ανέκτησαν την ελευθερία τους. Η ανεξαρτησία διατηρήθηκε έως το 356 π.Χ., όταν οι Φωκείς κατέλαβαν την πόλη σε αντίποινα για ένα βαρύ πρόστιμο που τους είχε επιβάλει το συνέδριο των Αμφικτυόνων. Αυτό πυροδότησε τον Γ΄ Ιερό πόλεμο και έδωσε το έναυσμα στον Φίλιππο Β΄ της Μακεδονίας να αναμιχθεί στα πολιτικά πράγματα της Κεντρικής Ελλάδας. Οι Φωκείς λεηλάτησαν το ιερό και τους θησαυρούς του προκειμένου να χρηματοδοτήσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Τέλος, το 339 π.Χ. ένας άλλος, σχετικά σύντομος αυτή τη φορά πόλεμος, ο  Δ΄ Ιερός Πόλεμος, ξέσπασε με αφορμή κάποιες ενέργειες των Λοκρών της Άμφισσας, οδηγώντας στην οριστική επικράτηση του Φιλίππου Β΄ στον ελλαδικό χώρο.

Η εξέλιξη του ιερού χώρου κατά την κλασική περίοδο
Κατά την κλασική περίοδο ανεγέρθηκαν στο τέμενος σημαντικά και γνωστά οικοδομήματα. Η Ιερά Οδός πλαισιώθηκε με τον Θησαυρό των Αθηναίων, τη Στοά των Αθηναίων, τον Θησαυρό των Μεγαρέων, τον Θησαυρό των Θηβαίων. Ο ναός του Απόλλωνα, που βρισκόταν στο τέλος της Ιεράς Οδού, κτίστηκε εκ νέου το 330 π.Χ., στο τέλος της κλασικής περιόδου, ενώ ο βωμός του ναού  (βωμός των Χίων), που είχε οικοδομηθεί περί το 475 π.Χ., αναμορφώθηκε, ώστε να ταιριάζει αρχιτεκτονικά με το ναό. Την περιοχή γύρω από το ναό κόσμησαν καλλιτεχνικά αριστουργήματα όπως το Ανάθημα του Δαόχου. Στο τέμενος της Αθηνάς Προναίας ανεγέρθηκε η Θόλος, ο δωρικός Θησαυρός και, αργότερα, ο ασβεστολιθικός ναός της Αθηνάς Προναίας. 
Προς τα τέλη της κλασικής εποχής κατασκευάζονται και τα πρώτα κτίρια δημόσιου και αθλητικού χαρακτήρα, όπως το Γυμνάσιο, ανάμεσα στο τέμενος της Αθηνάς Προναίας και την Κασταλία πηγή, και το Στάδιο επάνω από το ναό του Απόλλωνα. Τέλος, κατά την κλασική περίοδο αφιερώθηκαν στους Δελφούς αναθήματα υψηλής καλλιτεχνικής αξίας. Ορισμένα από τα σωζόμενα αναθήματα μας δίνουν μια ιδέα από τον πλούτο που είχε συσσωρευθεί στην πόλη και το ιερό μετά τους περσικούς πολέμους. 
Ο περίφημος Ηνίοχος, ένα από τα αριστουργήματα του λεγόμενου «αυστηρού ρυθμού», που σηματοδοτεί τη μετάβαση από την αρχαϊκή στην κλασική εποχή, αλλά και μικρότερα χάλκινα αναθήματα, όπως το θυμιατήριο με τη μορφή πεπλοφόρου και το  ζεύγος των κούρων, τα οποία βρέθηκαν μέσα στον αποθέτη της Ιεράς Οδού, αποτελούν μερικά μόνο από τα δείγματα της πρώιμης κλασικής τέχνης. Δυστυχώς, πολλά από τα αναθήματα καταστράφηκαν στην περίοδο του Γ΄ Ιερού Πολέμου, ενώ άλλα μεταφέρθηκαν στη Ρώμη μετά τη ρωμαϊκή κατάκτηση. 
Φαίνεται, ωστόσο, πως στον 2ο αι. μ.Χ. υπήρχαν ακόμη αρκετά αγάλματα μεγάλης γλυπτικής που κοσμούσαν τον χώρο, σύμφωνα με τις μαρτυρίες του Παυσανία αλλά και του Πλουτάρχου. Ο τελευταίος περιγράφει λεπτομερώς το γλυπτό σύνταγμα των 37 αγαλμάτων που είχαν αφιερώσει οι Λακεδαιμόνιοι μετά τη νικηφόρα μάχη τους στους Αιγός Ποταμούς (405 π.Χ.), που τους έδωσε την τελική επικράτηση στον Πελοποννησιακό Πόλεμο. Οι Λακεδαιμόνιοι προφανώς ακολούθησαν την πρακτική που είχαν καθιερώσει οι Αθηναίοι περί το 460 π.Χ., όταν ανέθεσαν στον Φειδία να κατασκευάσει γλυπτό σύνταγμα από 13 αγάλματα από τα λάφυρά τους κατά τους Περσικούς Πολέμους. Ονόματα μεγάλων γλυπτών, όπως ο Αγελάδας από  το Άργος και ο Ονάτας από την Αίγινα αναφέρονται μεταξύ των δημιουργών που κόσμησαν με τα έργα τους το ιερό τέμενος του Απόλλωνα. 
Στο τέλος της κλασικής περιόδου, την εποχή που τα στρατεύματα του Μεγάλου Αλεξάνδρου προήλαυναν ήδη στην Ανατολή, ένα άλλο αριστούργημα της τέχνης σηματοδοτεί το πέρασμα στην ελληνιστική εποχή: οι «τρεις χορεύτριες», το γλυπτό σύμπλεγμα τριών κορασίδων που φαίνονται σα να ξεπηδούν από έναν κίονα ύψους 10 μέτρων, τυλιγμένο με φύλλα ακάνθου, στήριζαν περίτεχνο τρίποδο μέσα στο οποίο ενδεχομένως βρισκόταν ο γνωστός σε όλους «ομφαλός». Η στήλη στήθηκε ίσως με αφορμή την Πυθαΐδα του 330-325 π.Χ. Σύγχρονες ερμηνείες απέδειξαν ότι η χορευτική κίνηση των χεριών στην ουσία ήταν ένας τρόπος στήριξης του τρίποδα, ενώ οι τρεις γυναικείες μορφές μάλλον αντιστοιχούσαν στις τρεις κόρες του μυθικού Αθηναίου βασιλιά Κέκροπα. 

Μετά τον ταραγμένο 4ο αι. π.Χ., οι Δελφοί γνώρισαν νέα άνθηση, καθώς το πανελλήνιο ιερό δέχθηκε το μερίδιό του από τα λάφυρα των εκστρατειών του Μεγάλου Αλεξάνδρου στην ανατολή. Ο ανταγωνισμός των διαδόχων αλλά και των ελληνιστικών βασιλείων και ομοσπονδιών στη συνέχεια, άφησε το αποτύπωμά του και στο ιερό συχνά με τη μορφή ανάθεσης πολύτιμων αναθημάτων που στόχευαν να υπερκεράσουν το ένα το άλλο σε αίγλη και πλούτο.

Η γαλατική απειλή και η άνοδος της Αιτωλικής Συμπολιτείας
Κατά τις αρχές του 3ου αι. π.Χ. τα ελληνιστικά βασίλεια μετά από διαρκείς στρατιωτικές διαμάχες είχαν χάσει μεγάλο μέρος της δύναμής τους. Η ήττα και ο θάνατος του Λυσιμάχου στο Κουροπέδιο το  281 π.Χ. και η αποδυνάμωση του κράτους του στη Θράκη έδωσε το έναυσμα στους Γαλάτες που κατοικούσαν στην Παννονία να κατέβουν προς τον ελλαδικό χώρο, υπό την πίεση ενδεχομένως λιμού. Φτάνοντας στη Βόρειο Ελλάδα, το εκστρατευτικό τους σώμα, που αριθμούσε περί τους 85.000 άνδρες, χωρίστηκε σε τρία τμήματα. Το κεντρικό τμήμα, υπό τον Βρέννο και τον Ακιχώριο, κατευθύνθηκε προς την κεντρική Ελλάδα, ενώ τα άλλα δύο, αντίστοιχα, προς την δυτική Μακεδονία και την Ιλλυρία και προς την ανατολική Μακεδονία και Θράκη. 
Μετά τις αρχικές τους επιδρομές και τη λαφυραγώγηση περιοχών, ο Βρέννος και ο Ακιχώριος οργάνωσαν νέα εκστρατεία το 279 π.Χ. Οι Έλληνες συνασπίστηκαν και προσπάθησαν να ανακόψουν την πορεία τους στις Θερμοπύλες. Ο Βρέννος, εφαρμόζοντας έναν τακτικό ελιγμό, έστειλε μέρος του εκστρατευτικού του σώματος ανατολικά, προς την Αιτωλία, για να εξαναγκάσει τους Αιτωλούς υπερασπιστές των Θερμοπυλών να εγκαταλείψουν τις θέσεις τους. Οι Γαλάτες κατέστρεψαν το Κάλλιον [kallion], στα σύνορα Ευρυτανίας και Αιτωλίας, επιδιδόμενοι σε τρομερές αγριότητες. Ωστόσο, η σύσσωμη αντίσταση των Αιτωλών στη θέση Κοκκάλια, όπου πολέμησαν ακόμη και οι ηλικιωμένοι και τα γυναικόπαιδα, απέτρεψε οριστικά τον γαλατικό κίνδυνο. 
Ο γαλατικός στρατός ηττήθηκε κατά κράτος και η σχεδιαζόμενη λεηλασία των Δελφών δεν πραγματοποιήθηκε. Αντίθετα, το Κοινό των Αιτωλών ενίσχυσε σημαντικά τη θέση του στην κυρίως Ελλάδα και για έναν περίπου αιώνα κυριάρχησε στους Δελφούς. Οι Αιτωλοί, σε ανάμνηση της νίκης τους, ανέθεσαν τιμητική στήλη επάνω σε βάση [vasiaitolon] που θεωρείται ότι εικονίζει λάφυρα γαλατικού οπλισμού, ενώ συγκέντρωσαν μέσα στη Δυτική Στοά πολλά από τα λάφυρα που απέσπασαν από τους Γαλάτες. Σε ένδειξη ευγνωμοσύνης οι Αιτωλοί απέκτησαν το δικαίωμα να μετέχουν στο αμφικτιονικό συνέδριο. Διοργανώθηκαν τιμητικοί αγώνες, τα Αμφικτυονικά Σωτήρια, τα οποία περί το 246 π.Χ. μετονομάσθηκαν σε «Αιτωλικά Σωτήρια» και εξελίχθηκαν σε πανελλήνιους αγώνες, που τελούνταν κάθε πέντε χρόνια. 

Οι Ατταλίδες και οι Δελφοί
Μια άλλη ελληνιστική δύναμη, που επίσης άντλησε κύρος από την αντιμετώπιση των Γαλατών που έφθασαν στην κεντρική Μικρά Ασία μετά την αποτυχία τους στην κεντρική Ελλάδα, ήταν οι Ατταλίδες της Περγάμου. Περί το 241 π.Χ. ο Άτταλος Α΄ ξεκίνησε την ανέγερση μιας μνημειώδους στοάς στα ανατολικά του τεμένους, για την κατασκευή της οποίας  κατεδαφίστηκε και ένα τμήμα του ιερού περιβόλου. Δόθηκε μάλιστα το δικαίωμα στους Ατταλίδες να είναι οι μόνοι που θα μπορούσαν να στήσουν αναθήματα εντός της στοάς. Ο Ευμένης Β΄, από την άλλη πλευρά, ήταν αυτός που εφοδίασε το θέατρο  με λίθινα εδώλια περί το 160 π.Χ.

Ο Συμμαχικός Πόλεμος
Η δύναμη της Αιτωλικής Συμπολιτείας ενόχλησε τους βασιλείς των άλλων ελληνιστικών κρατών, πλην των Ατταλιδών, που θεωρούσαν τους Αιτωλούς συμμάχους τους με κοινό στόχο τους Γαλάτες. Ο Φίλιππος Ε΄ της Μακεδονίας, θέλοντας να δώσει ένα τέλος στην αιτωλική κυριαρχία επί της κεντρικής Ελλάδας, πέτυχε να συνασπίσει κι  άλλες ελληνικές δυνάμεις ξεκινώντας τον λεγόμενο Συμμαχικό Πόλεμο. Αν και δεν υπήρξε καταλυτικός για την αιτωλική παρουσία στους Δελφούς, οδήγησε σε κάποια σχετική χαλάρωση του ελέγχου τους επάνω στο ιερό και το ιερό. Έτσι, το 213 π.Χ. η Σικυώνα, μέλος της Αχαϊκής Συμπολιτείας που αντιστρατευόταν το Κοινό των Αιτωλών, όχι μόνο ζήτησε χρησμό για το πως να θάψει το νεκρό βασιλιά της  Άρατο, αλλά και πήρε χρησμό που υπαγόρευε την ηρωοποίηση του Αράτου. 
Περί τα τέλη του 3ου αιώνα π.Χ., ωστόσο, οι αντιμαχίες μεταξύ ελληνικών δυνάμεων πήραν άλλη τροπή, καθώς εμφανίστηκε στο προσκήνιο η νέα μεγάλη δύναμη, η Ρώμη, που ανέλαβε ρυθμιστικό ρόλο στα ελληνικά πράγματα. Το ιερό διέβλεψε τη δυναμική της Ρώμης και έσπευσε να δώσει θετικούς χρησμούς, τηρώντας έκτοτε μια φιλορωμαϊκή στάση. 

Τα αναθήματα 
Από καλλιτεχνικής πλευράς, το πέρασμα στον 3ο αι. π.Χ. χαρακτηρίστηκε από μια στροφή στον ρεαλισμό. Το πρώτο μεγάλο ελληνιστικό ανάθημα είναι το γλυπτό σύμπλεγμα στο  οποίο  φαίνεται να συνανήκουν το  άγαλμα του Διονύσου και αυτό του γενειοφόρου ηλικιωμένου άνδρα (γνωστού και ως «ο φιλόσοφος») [philosoper], μαζί με τη μορφή μιας γυναίκας και ενός κοριτσιού. Αν όντως τα αγάλματα αυτά αποτελούσαν ένα σύνολο, θα πρέπει να είχαν αφιερωθεί από κάποιον ιερέα στους Δελφούς περί το 270 π.Χ. Στη διάρκεια του 3ου αι. π.Χ., οι ρωμαλέες μορφές της κλασικής εποχής δίνουν συχνά τη θέση τους σε αγάλματα μικρών παιδιών, όπως αυτό που κρατά μια χήνα στα δυο του χέρια (τύπος που βρήκε πολλούς μιμητές ως και τη ρωμαϊκή εποχή), το κορίτσι στον τύπο της «μικρής άρκτου» από τη Βραυρώνα και ο  Έρωτας που κοιμάται. 

Οι διαρκείς πόλεμοι που εξουθένωσαν οικονομικά τα ελληνιστικά βασίλεια είχαν τον αντίκτυπό τους και στο ιερό των Δελφών, που είδε τα αναθήματα να λιγοστεύουν και την οικονομική του δύναμη να φθίνει. Το τελευταίο πολεμικού χαρακτήρα ανάθημα που στήθηκε στον χώρο ήταν η στήλη του Αιμίλιου Παύλου, που στήριζε το άγαλμα του έφιππου Ρωμαίου στρατηγού, νικητή στη μάχη της Πύδνας το 168 π.Χ. Το 86 π.Χ. όμως, ένας άλλος στρατηγός, ο Σύλλας, θα λεηλατούσε πολλούς από τους θησαυρούς των Δελφών υπό τύπον «δανείου». Τρία χρόνια αργότερα, το καταστροφικό του έργο έμελλε να συμπληρώσουν επιδρομές θρακικών φύλων. Ο Στράβων, που επισκέφθηκε τον χώρο τον 1ο αι. π.Χ, δίνει μια εικόνα εγκατάλειψης. 

Με το τέλος της δημοκρατίας, ωστόσο, Ρωμαίοι αυτοκράτορες ανέλαβαν να συντηρήσουν τους Δελφούς, εξαιτίας κυρίως της ιστορικότητας του χώρου. Κάποιοι από αυτούς φρόντισαν να ανακαινίσουν κτίρια, να χαρίσουν νέα αναθήματα και να συντηρήσουν τους Πυθικούς αγώνες. Ωστόσο, ο Νέρων, ο οποίος πήγε στους Δελφούς και αγωνίστηκε στα Πύθια, όπου βγήκε φυσικά νικητής, πήρε μαζί του περίπου 500 χάλκινα αγάλματα από  τον ιερό χώρο. Αντίθετα, ο Τραϊανός προσπάθησε να αποκαταστήσει την αίγλη του ιερού. Περί τα τέλη της βασιλείας του ανέλαβε χρέη ιερέα στο μαντείο ο  Πλούταρχος, ο οποίος παρέμεινε εκεί για μια τριακονταετία (95-125 μ.Χ.). Τα έργα του Πλουτάρχου είναι μια αστείρευτη πηγή πληροφοριών για τις τελετουργίες, τα μνημεία, αλλά και τους επισκέπτες του ιερού χώρου. 
Ο αυτοκράτορας που συνέδεσε  στενότερα το όνομά του με τους Δελφούς ήταν ο Αδριανός, λάτρης της Ελλάδας, της τέχνης και της φιλοσοφίας της. Πολλές από τις σωζόμενες βάσεις αγαλμάτων φέρουν το όνομά του, ωστόσο κανένας από τους ανδριάντες του δεν σώζεται. Αντίθετα, διατηρείται σε πολύ καλή κατάσταση ανδριάντας του ευνοούμενού του, του νεαρού Αντίνοου από τη Βιθυνία. Απαρηγόρητος από το χαμό του, ο Αδριανός έδωσε εντολή να στηθούν αγάλματά του σχεδόν παντού στην αυτοκρατορία. Ο ανδριάντας των Δελφών είναι ίσως το ωραιότερο άγαλμα που σώζεται, μια μορφή εξιδανικευμένη, φτιαγμένη για την αιωνιότητα. 
Περί το 170 μ.Χ. οι Δελφοί δέχθηκαν μια τελευταία μεγάλη ευεργεσία. Ο Ηρώδης Αττικός επένδυσε το στάδιο με μαρμάρινα εδώλια, όπως είχε πράξει με το στάδιο της Αθήνας. Από το χρονικό αυτό σημείο και πέρα άρχισε μια καθοδική πορεία του μαντείου και του χώρου. Περίπου την ίδια περίοδο επισκέφθηκε τον χώρο ο Παυσανίας, απαθανατίζοντας στις περιγραφές του το ιερό που έφθινε. Χωρίς τα κείμενά του, πολλά μνημεία θα μας ήταν σήμερα άγνωστα ή αταύτιστα.

Αναθήματα ρωμαϊκής εποχής
Κατά τη διάρκεια της «Μεγάλης Ανασκαφής», δυστυχώς τα ρωμαϊκά αναθήματα αντιμετωπίζονταν ως «ήσσονος σημασίας» και δεν τους αποδόθηκε εξαρχής η σημασία που τους αναγνωρίζεται σήμερα. Η στήλη του Αιμίλιου Παύλου αποτελεί ένα σημαντικό ιστορικό τεκμήριο, καθώς απεικονίζει στη ζωφόρο της τη μάχη της Πύδνας. Η προτομή του «μελαγχολικού Ρωμαίου», που δεν είναι άλλος από τον Τίτο Κόιντο Φλαμινίνο (229-174 π.Χ.), πρωταγωνιστή του Β΄ Μακεδονικού Πολέμου, συνάδει με την περιγραφή του Πλουτάρχου στον ομώνυμο «Βίο» του. 
Εξαιρετικά ενδιαφέρουσα είναι η περίφημη «σαρκοφάγος του Μελεάγρου» που εντοπίστηκε κατά χώραν στη δυτική νεκρόπολη στις αρχές του 19ου αιώνα και έχει μεταφερθεί σήμερα στο Μουσείο των Δελφών. Χρονολογείται στον 2ο αι. μ.Χ. και είναι διακοσμημένη με πλαστικό ανάγλυφο που εικονίζει το μύθο του Καλυδωνίου Κάπρου και της διαμάχης που ξέσπασε μεταξύ της ομάδας των κυνηγών του. Το κάλυμμα της σαρκοφάγου είναι διαμορφωμένο ως κλίνη επί της οποίας πλαγιάζει μια γυναικεία μορφή, προφανώς η θανούσα. 

Η περιοχή του αρχαιολογικού χώρου των Δελφών εγκαταλείφθηκε τον 7ο αι. μ.Χ. και δεν ανέκαμψε οικιστικά παρά μόνο κατά την πρώιμη Οθωμανική περίοδο. Η ευρύτερη περιοχή καταλήφθηκε από τον Βονιφάτιο τον Μομφερρατικό, βασιλιά της Θεσσαλονίκης, το 1205, κατά τη διάρκεια του διαμελισμού της βυζαντινής αυτοκρατορίας μετά τη Δ΄ Σταυροφορία. Ακολουθώντας το δυτικό φεουδαρχικό σύστημα, οι νέοι μονάρχες διένειμαν τα εδάφη σε τιτλούχους τους στρατεύματος και της ακολουθίας τους. Έτσι, η Άμφισσα και η γύρω περιοχή μετονομάστηκε σε La Sole (Σάλωνα) και δόθηκε στην οικογένεια των Ντ’ Ωτρεμενκούρ (D’ Autremencourt), που συχνά παραφράζονται σε Στρομονκούρ (Stromoncourt).

Ο πρώτος κόμης της περιοχής ήταν ο Θωμάς, ο οποίος καταγόταν από την γαλλική Πικαρδία. Με στρατιωτικές επιχειρήσεις επεξέτεινε την κυριαρχία του περίπου σε όλη τη σημερινή Φωκίδα. Στην προσπάθειά του να καταλάβει το Γαλαξίδι, ωστόσο, συνάντησε αντίσταση από τον Δεσπότη της Ηπείρου Μιχαήλ Α΄ Κομνηνό Δούκα και έχασε τη ζωή του σε μάχη το 1212. Οι βυζαντινοί κατόρθωσαν να κυριαρχήσουν για μικρό διάστημα, αλλά ο γιος του Ντ’ Ωτρεμενκούρ, Θωμάς Β΄, ανέκτησε τον έλεγχο της περιοχής και οι Φράγκοι παρέμειναν κύριοι της περιοχής έως το 1318, όταν η Καταλανική Εταιρία προσεταιρίστηκε το Δουκάτο των Αθηνών, στο οποίο ήταν υποτελείς οι Ντ’ Ωτρεμενκούρ. 
Οι Καταλανοί παρέμειναν κύριοι της Θεσσαλίας, της Βοιωτίας, της Αττικής και της Φωκίδας ως τα 1390 περίπου, όταν τη θέση τους πήρε μια άλλη εταιρεία, αυτή των Ναβαρραίων. Οι επόμενες δύο δεκαετίες ήταν ιδιαίτερα ταραγμένες, με συνεχείς διαμάχες μεταξύ των Λατίνων και των Βυζαντινών Δεσποτών του Μορέως. Κουρασμένοι από τις πολεμικές αναταραχές, αλλά και από την τυραννική μορφή της Έλενας Ασανίνας Κατακουζηνής, χήρας του τελευταίου κυρίου των Σαλώνων Λουδοβίκου Φρειδερίκου της Αραγωνίας. Έτσι, το 1394 άνοιξαν τις πύλες της Άμφισσας στο στρατό του Βαγιαζίτ Α΄, που είχε κατέλθει στην Ελλάδα έπειτα από πρόσκληση των βυζαντινών. Το 1402 η περιοχή καταλήφθηκε από τους Δεσπότες του Μορέως και δυο χρόνια αργότερα ο Θωμάς Παλαιολόγος την πούλησε στους Ιωαννίτες Ιππότες. Οι Οθωμανοί όμως επέστρεψαν και πάλι και την κατέλαβαν οριστικά το 1410. 

Οι Δελφοί ακολούθησαν την ιστορία της Φωκίδας με αλλεπάλληλες μεταβολές ηγεμόνων κατά τη διάρκεια της Λατινοκρατίας, έως το 1410, όταν οι Οθωμανοί οριστικοποίησαν την εξουσία τους στην περιοχή. Η ίδια η τοποθεσία παρέμεινε σχεδόν ακατοίκητη για αιώνες, ενώ φαίνεται πως ένα από τα πιο πρώιμα κτίσματα της νεότερης εποχής ήταν το μοναστήρι της Παναγιάς, το οποίο κτίστηκε πάνω στα οικοδομικά λείψανα του αρχαίου γυμνασίου. Σταδιακά άρχισε να δημιουργείται ένας οικιστικός πυρήνας, που εξελίχθηκε στο χωριό  Καστρί. 

Η αναφορά του Κυριακού της Ανκόνα
Ο πρώτος δυτικός περιηγητής που περιέγραψε τις ορατές δελφικές αρχαιότητες και μας κληροδότησε μια σπάνια εικόνα του χώρου για μια περίοδο σχετικά άγνωστη ήταν ο Κυριακός ο Αγκωνίτης (ή, κατά κόσμον, Ciriaco de Pizzicoli). Πρόκειται για μια λαμπρή μορφή και γνήσιο εκπρόσωπο του αναγεννησιακού ουμανισμού. Ξεκίνησε την καριέρα του ως έμπορος, ωστόσο οι αρχαιότητες που συναντούσε κατά τη διάρκεια των ταξιδιών του τον συγκίνησαν ιδιαίτερα. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να μάθει αρχαία ελληνικά και λατινικά σε ηλικία τριάντα ετών και στη συνέχεια να ταξιδέψει πολύ, προκειμένου να εξερευνήσει και να καταγράψει θέσεις με αρχαιολογικό ενδιαφέρον, αναλαμβάνοντας παράλληλα και διάφορες διπλωματικές αποστολές ιδιαίτερα στην Οθωμανική αυλή. Ο Κυριακός επισκέφθηκε τους Δελφούς τον Μάρτιο του 1436, στο πλαίσιο ευρύτερου ταξιδιού στην Ελλάδα και την ανατολική Μεσόγειο, και παρέμεινε εκεί για έξι ημέρες, καταγράφοντας τα αρχαιολογικά κατάλοιπα, με οδηγό την περιγραφή του Παυσανία. Σε αυτόν οφείλουμε τις περιγραφές του θεάτρου και του σταδίου, καθώς και αρκετών ορατών γλυπτών. Επίσης, σημαντική ήταν η συνεισφορά του στην επιγραφική, καθώς κατέγραψε πλήθος επιγραφών. Βέβαια, οι ταυτίσεις του δεν ήταν πάντοτε ορθές: το κυκλικό κτίριο που περιέγραψε ως ναό του Απόλλωνα, για παράδειγμα, δεν ήταν παρά οι δύο ημικυκλικές βάσεις από τα αναθήματα των Αργείων.
Οι πληροφορίες για τους επόμενους δύο αιώνες της οθωμανικής κυριαρχίας είναι σχετικά πενιχρές και συγκεχυμένες. Με την ονομασία Καστρί οι Δελφοί υπάγονταν στον καζά των Σαλώνων. Γνωρίζουμε, επίσης, ότι ο καταστροφικός σεισμός του 1580, που έπληξε όλη την περιοχή της Άμφισσας, προκάλεσε μεγάλες ζημιές στις ως τότε ορατές αρχαιότητες. 

Οι ξένοι περιηγητές
Οι πληροφορίες για τους Δελφούς της οθωμανικής περιόδου πληθαίνουν μαζί με τους περιηγητές που τους επισκέπτονται. Όπως και στην αρχαιότητα, από τους Δελφούς περνούσε ένας από τους δρόμους που συνέδεε τη δυτική με την ανατολική Ελλάδα. Αρκετοί περιηγητές αποβιβάζονταν στην Ιτέα ή στη Ναύπακτο και στη συνέχεια έκαναν τον δρόμο αυτόν οδικώς, με τη βοήθεια υποζυγίων. Από τα μέσα του 17ου αιώνα, οι  επισκέψεις αυτές πολλαπλασιάστηκαν, καθώς στην Ευρώπη εξαπλωνόταν η μόδα των περιηγήσεων και της αρχαιολατρείας. Από τους πρώτους Ευρωπαίους επισκέπτες των Δελφών ήταν το δίδυμο των George Wheeler και Jacob Spon, που επισκέφθηκαν την περιοχή τον Ιανουάριο του 1676. Το πρώτο κτίσμα που τράβηξε την προσοχή τους, όπως και πολλών άλλων κατοπινών επισκεπτών, ήταν το μοναστήρι της Παναγιάς, κτισμένο στη λεγόμενη «Μαρμαριά», επάνω ακριβώς από το αρχαίο γυμνάσιο. Επρόκειτο για μετόχι της Μονής της Ιερουσαλήμ στη βοιωτική Δαύλεια, και έστεκε μέχρι τη δεκαετία του 1890, όταν κατεδαφίστηκε στην διάρκεια της «Μεγάλης Ανασκαφής». Στο μοναστήρι αυτό κατέλυαν πολλοί από τους περιηγητές, οι περισσότεροι από τους οποίους μνημονεύουν το καλό κρασί που τους πρόσφεραν οι κατά τα άλλα λιτοδίαιτοι μοναχοί. 
Το 1766 πέρασαν από τους Δελφούς ο Richard Chandler, καθηγητής στην Οξφόρδη και καταξιωμένος επιγραφικός, συνοδευόμενος από τον αρχιτέκτονα και σχεδιαστή Nicholas Revett και τον ζωγράφο William Pars. Η αποστολή τους είχε χρηματοδοτηθεί από την περίφημη Εταιρεία των Dilettanti, η οποία καλλιεργούσε συστηματικά το ενδιαφέρον για τις ελληνορωμαϊκές αρχαιότητες στη Βρετανία. Οι μελέτες τους δημοσιεύτηκαν το 1769 με τον τίτλο “Ionian Antiquities”, ενώ αργότερα εξέδωσαν μια συλλογή επιγραφών και δύο ταξιδιωτικές περιγραφές για τη Μικρά Ασία (1774) και για την Ελλάδα (1775). 
Εκτός από τις αρχαιότητες που κατέγραψαν, η ομάδα των Βρετανών διέσωσε και μερικές ζωηρές  περιγραφές της καθημερινής ζωής στο Καστρί, ιδιαίτερα την επίσκεψη μιας ομάδας Τουρκαλβανών, που ενεργούσαν ως φύλακες των ορεινών δρόμων και δημιούργησαν έντονα αρνητική εντύπωση στους Βρετανούς με την «βάρβαρη» συμπεριφορά τους. 
To 1805 επισκέφθηκε τους Δελφούς ο E. Dodwell, συνοδευόμενος από τον ικανό ζωγράφο Simone Pomardi. Οι περιγραφές του είναι απλές αλλά ακριβείς, όπως και τα εξαιρετικά χαρακτικά του Pomardi, που διακόσμησαν το βιβλίο του, το οποίο εκδόθηκε το 1821. Εκτός από τις αρχαιότητες, περιγράφει και αυτός με τη σειρά του σκηνές της καθημερινής ζωής, όπως ένα αξιομνημόνευτο δείπνο στο χωριό Χρισσό ή τη φιλοξενία που τους παρείχε ο παπάς του Καστριού, σε ένα μονόχωρο σπίτι χωρίς εξαερισμό για τη διαφυγή του καπνού από την εστία, όπου όλη η οικογένεια ζούσε μαζί.  
Μια τόσο γνωστή στη Δύση τοποθεσία όπως οι Δελφοί, δεν θα μπορούσε να μη συμπεριλαμβάνεται στο δρομολόγιο του μεγάλου φιλέλληνα, του Λόρδου Βύρωνα, που επισκέφθηκε την περιοχή το 1809. O Byron συνοδευόταν από τον φίλο του John Cam Hobhouse. Από την επίσκεψη αυτή ο ποιητής εμπνεύστηκε, μεταξύ άλλων, τους παρακάτω στίχους:

Yet there I’ve wandered by the vaulted rill;
Yes! Sighed o’er Delphi’s long deserted shrine, 
where, save that feeble fountain, all is still. 

Παράλληλα, παρατήρησε τις χαραγμένες υπογραφές άλλων ταξιδιωτών επάνω στους αρχαίους κίονες, οι οποίοι ήταν κτισμένοι σε δεύτερη χρήση στο μοναστήρι της Παναγιάς∙ μεταξύ άλλων και του Κόμη του Aberdeen, τον οποίο ο Βύρων στηλίτευε, μαζί με τον Έλγιν, για τον ακρωτηριασμό και την κλοπή αρχαιοτήτων. Η απέχθειά του για τις ειδεχθείς πράξεις των συμπατριωτών του δεν τον απέτρεψε, ωστόσο, να αφήσει κι εκείνος την υπογραφή του στο μάρμαρο του ίδιου κίονα, που σήμερα στέκει αναστηλωμένος στο γυμνάσιο των Δελφών. 

Οι πρώτες  δεκαετίες του ελληνικού κράτους
Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας και την ίδρυση του ελληνικού κράτους, η μέριμνα για τις αρχαιότητες υπήρξε άμεση σε όλην την επικράτεια. Αρκετά γλυπτά που βρίσκονταν κατά χώραν στους Δελφούς μεταφέρθηκαν αρχικά στην Αίγινα, στο νεοσύστατο αρχαιολογικό μουσείο που ίδρυσε ο Καποδίστριας. Έντονα ήταν όμως τα αιτήματα για δημιουργία μουσείου στην ίδια την περιοχή. Ήδη από τη δεκαετία του 1860 υπήρχε σχέδιο καθολικής ανασκαφής του χώρου αλλά οι περιορισμένες οικονομικές δυνατότητες του ελληνικού κράτους την έκαναν να φαίνεται σχεδόν αδύνατη. Εν τω μεταξύ οι περιηγητές συνέχισαν τις επισκέψεις τους σε όλη τη διάρκεια του 19ου αιώνα. Ένας από αυτούς ήταν και ο Γάλλος ποιητής και λογοτέχνης Gustave Flaubert, ο οποίος  επισκέφθηκε τον χώρο το 1851. Το αυξανόμενο αυτό κύμα επισκεπτών και αρχαιοδιφών συνέτεινε στη συμφωνία μεταξύ ελληνικού και γαλλικού κράτους για την απαλλοτρίωση του χωριού του Καστριού, τη μετακίνηση των σπιτιών σε άλλη τοποθεσία και τη διενέργεια της μεγαλύτερης, ως τότε, ανασκαφής στον ελλαδικό χώρο.