Ωστόσο οι Φωκείς δεν θα είχαν ενδεχομένως διαμορφώσει μια αυτόνομη πολιτική οντότητα, αν δεν μεσολαβούσε η πίεση από τους Θεσσαλούς, οι οποίοι κατόρθωσαν να κατακτήσουν τη Φωκίδα το 595 π.Χ. στον Α’ Ιερό πόλεμο. Αιτία ήταν η μεγάλη φήμη και ισχύς που είχε αποκτήσει το ιερό των Δελφών, το οποίο βρισκόταν αρχικά υπό τον έλεγχο των κατοίκων της Κρίσσας. Ο έλεγχος του μαντείου θα επηρέαζε πολιτικές και στρατιωτικές αποφάσεις που αφορούσαν όχι μόνο την Ελλάδα αλλά όλες τις ελληνικές κοινότητες στον τότε γνωστό κόσμο. Κάτω από τον θεσσαλικό ζυγό οι Φωκείς συνενώθηκαν και δημιούργησαν ένα ομοσπονδιακό κράτος, το Φωκικό Κοινό, με κοινό βουλευτήριο (Φωκικόν) και κοινό νόμισμα, στο οποίο συμμετείχαν ισότιμα όλες οι πόλεις.

Συνολικά υπήρχαν 42 πόλεις, από τις οποίες οι πιο σημαντικές ήταν 22: Η Λίλαια, ο Έρωχος, η Χαράδρα (στα Βόρεια), η Ελάτεια, η Τιθορέα,  η Αμφίκλεια [ακροποληαμφικλειασ], η Δρύμαια ή Δρυμών ή Δρυμός,  το Τεθρώνιο, η Τριταία, η Πεδίεια, ο Λέδων, οι Άβες, η Υάμπολη (στα ανατολικά, κοντά στον Βοιωτική Κηφισό), η Δαυλίς, ο Πανοπεύς, το Φλυγόνιο (στον Ελικώνα), η Στείρις, η Άμβροσσος (στις νότιες υπώρειες του Παρνασσου), η Κρίσσα, η Εχεδάμεια, η Ανεμώλεια (προς την περιοχή των Οζολών Λοκρών) και οι παραθαλάσσιες πόλεις Κίρρα,  Αντίκυρα (που ίσως ταυτίζεται με τον ομηρικό Κυπάρισσο), Μεδεών και  Βούλις.

Επίσης αναφέρονται στις πηγές οι κώμες Αιολίδων Πόλις, Απολλωνιάς, Έβενος (πιθανόν κοντά στην Ελάτεια), Έρανος (πιθανά το σημερινό Κυπαρίσσι), Κίρφις (κοντά στους Δελφούς), Κλεωναί (κοντά στην Υάμπολη), Λυκώρεια (σε μεγάλο υψόμετρο στον Παρνασσό), Μάραθος (κοντά στην μονή του Οσίου Λουκά στην Βοιωτία), Όγχη (άγνωστη θέση), Τραχίς (κοντά στην Χαιρώνεια), Υάποια  και Φωκικόν (νότια της Δαύλειας).

Πρωτεύουσα του Φωκικού κοινού ήταν η Ελάτεια. Αρχικά νομίσματα έκοψαν η Ελάτεια, η Λίλαια, η Αντίκυρα και ο Λέδων. Από αυτές ορισμένες σήμερα ανήκουν στη Βοιωτία και άλλες στη Φωκίδα, ενώ η Ελάτεια,  πρωτεύουσα του Κοινού, και η Αμφίκλεια βρίσκονται στη Φθιώτιδα.

Ανατρέχοντας κανείς στον κατάλογο των πόλεων που απάρτιζαν το Φωκικό Κοινό δεν μπορεί παρά να παρατηρεί την απουσία των Δελφών. Γεγονός είναι ότι οι Φωκείς εποφθαλμιούσαν το ιερό και τις προσόδους του και θεωρούσαν ότι θα έπρεπε να το ελέγχουν πολιτικά. Οι Δελφοί, όμως, ως έδρα της Αμφικτυονίας, επιζητούσαν αυτονομία. Σε διάφορες χρονικές στιγμές, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του 5ου αιώνα π.Χ., οι Φωκείς κατόρθωσαν χάρη στις συμμαχίες τους να κερδίσουν τον έλεγχο του ιερού.

Το χαρακτηριστικό των φωκικών πόλεων ήταν οι ισχυρές οχυρώσεις, ιδιαίτερα του 4ου αιώνα π.Χ. Σύμφωνα με τους αρχαίους συγγραφείς, οι Φωκείς ίδρυσαν μια σημαντική αποικία, τη Φώκαια, στα μικρασιατικά παράλια, απέναντι από τη Χίο. Οι κάτοικοί της αποδείχτηκαν δεινοί θαλασσοποροι, ιδρύοντας αποικίες στα παράλια της Γαλλίας, της Ιβηρικής Χερσονήσου, της Κορσικής αλλά και της Μαύρης Θάλασσας, με γνωστότερη τη Μασσαλία.

Οι Φωκείς εξακολούθησαν να επιζητούν να θέσουν υπό τον έλεγχό τους το ιερό των Δελφών σε ολη τη διάρκεια του 5ου και στο μεγαλύτερο μέρος του 4ου αιώνα, με αποτέλεσμα να  ξεσπάσουν τρεις ακόμη ιεροί  πόλεμοι, ο Β’, ο Γ’ και ο Δ’.

Έπειτα από την οριστική επικράτηση του Φιλίππου Β’ στον Ελλαδικό χώρο, η Φωκίδα ακολούθησε την ιστορία της υπόλοιπης Ελλάδας (βλ. Αναλυτικά “ιστορία των Δελφών στα ελληνιστικά χρόνια” και “ιστορία των Δελφών στα ρωμαϊκά χρόνια”).

Η πληρέστερη πηγή μας για την ιστορία της Φωκίδας κατά τα βυζαντινά χρόνια είναι το Χρονικό του Γαλαξειδίου, μια αφήγηση της ιστορίας της πόλης από τον 10ο ως τον 17ο αιώνα, γραμμένη το 1703 από τον ιερομόναχο Ευθύμιο. Σύμφωνα με το Χρονικό, κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Κωνσταντίνου Ρωμανού (τέλος  10ου αιώνα) η περιοχή δέχτηκε τις επιθέσεις των Βουλγάρων. Πολλοί κάτοικοι σφαγιάστηκαν ή εξανδραποδίστηκαν. Πληθυσμιακή συρρίκνωση προκάλεσε και η επιδημία πανούκλας το 1054. Στην ανατολική Φωκίδα, από την άλλη πλευρά, στα μέσα του 10ου αιώνα έζησε και μόνασε ο Όσιος Λουκάς, ο οποίος απέκτησε μεγάλη φήμη. Ο πρώτος ναϊσκος όπου ετάφη ο άγιος έγινε σύντομα προσκύνημα, γεγονός που έκανε τον ιερομόναχο Φιλόθεο να πετύχει αυτοκρατορική χορηγία για την ανέγερση της μεγαλοπρεπούς μονής που φέρει το όνομα του Αγίου και εντάσσεται σήμερα, όπως και οι Δελφοί, στον κατάλογο παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς της UNESCO. Για την ανοικοδόμησή του χρησιμοποιήθηκε οικοδομικό υλικό από την αρχαία πόλη της Στείριδας.

Στις αρχές του 13ου αιώνα, ο Φράγκος βασιλιάς της Θεσσαλονίκης Βονιφάτιος ο Μομφερατικός κατέλαβε τη Φωκίδα, ιδρύοντας την Αυθεντία των Σαλώνων, με έδρα την Άμφισσα, την οποία μετονόμασε σε La Sole. Ο πρώτος κόμης των Σαλώνων, Θωμάς ντ’Ωτρεμενκούρ, έκτισε ένα ισχυρότατο κάστρο επάνω στην αρχαία ακρόπολη. Μετά από ένα σύντομο διάστημα Βυζαντινής επανάκτησης (1210-1212) η περιοχή υπήχθη στο Πριγκηπάτο της Αχαϊας ,ενώ από το 1278 πέρασε στον έλεγχο του Δουκάτου των Αθηνών. Όταν το τελευταίο υποτάχθηκε στην Καταλανική Εταιρία το 1311, η Φωκίδα και η Βοιωτία ακολούθησαν την ίδια μοίρα. Το 1380 καταλήφθηκε απο την εταιρία των Ναβαρραίων, ενώ το 1397 εισέβαλαν οι Οθωμανοί  Τούρκοι του Βαγιαζήτ Α’,  προσκεκλημένοι ωστόσο από τον τοπικό δεσπότη, ο οποίος ήθελε να αποτινάξει τον ζυγό των δυτικών, θεωρώντας ότι οι Οθωμανοί θα τον διατηρούσαν στη θέση του. Το 1402, μετά την ήττα του Βαγιαζήτ στη Μάχη της Άγκυρας από τον Ταμερλάνο, οι Οθωμανοί υποχώρησαν και η περιοχή πέρασε στα χέρια του Δεσπότη του Μυστρά, Θεόδωρου Παλαιολόγου, ο οποίος την πούλησε στους Ιωαννίτες ιππότες. Το 1410 οι Οθωμανοί επανέκαμψαν και οριστικοποίησαν την κυριαρχία τους, η οποία διήρκεσε τέσσερις αιώνες.

Κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής περιόδου οι κάτοικοι της Φωκίδας, περιοχής ορεινής και δύσβατης, ασχολούνταν κυρίως με την κτηνοτροφία και με τη φύλαξη των ορεινών περασμάτων. Το 1580 η περιοχή επλήγη από ισχυροτατο σεισμό, που κατέστρεψε μεγάλο μέρος από τις αρχαιότητες των Δελφών, αλλά και από τα σπίτια και τις οχυρώσεις της Άμφισσας και της γύρω περιοχής. Παρά το σχετικά ευνοϊκό καθεστώς που διέθεταν όσοι ασχολούνταν με τη φύλαξη των ορεινών περασμάτων, ή ίσως εξαιτίας της σχετικής αυτονομίας που αισθάνονταν, σημειώθηκαν σημαντικές εξεγέρσεις στην περιοχή, όπως αυτή του 1687, όταν ο ιερομόναχος Φιλόθεος και ο αρματολός Κούρμας κατόρθωσαν να αποτινάξουν τον οθωμανικό ζυγό για μια δεκαετία.

Κατά τη διάρκεια του 17ου και κυρίως του 18ου και 19ου αιώνα, πολλοί ξένοι περιηγητές επισκέφθηκαν την περιοχή, κυρίως για να αποτυπώσουν και να θαυμάσουν τον αρχαιολογικό χώρο των Δελφών. Είναι αυτοί που προσπάθησαν να ανασύρουν από την αφάνεια τις αρχαιότητες και την ιστορία των φωκικών πόλεων. Σε κάποιο βαθμό συνέβαλαν έτσι στην εθνική αφύπνιση των κατοίκων, οι οποίοι άρχισαν να αντιμεωπίζουν το αρχαίο παρελθόν τους με θαυμασμό. Με το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης οι Φωκείς ανταποκρίθηκαν άμεσα και στις 27 Μαρτίου του 1821 εξεγέρθηκαν οι Αμφισσείς υπό τον Πανουργιά. Στις 10 Απριλίου καταλήφθηκε το κάστρο των Σαλώνων και φονεύθηκαν οι  Οθωμανοί υπερασπιστές του. Η περιοχή ανέδειξε σημαντικούς οπλαρχηγούς της επανάστασης, όπως ο επίσκοπος Σαλώνων Ησαϊας, ο Πανουργιάς, ο Δυοβουνιώτης, ο Γκούρας, ο Τράκας, ο  Αθανάσιος Διάκος κ.ά. Το 1826 ο Κιουταχής κατόρθωσε να ξαναπάρει τα Σάλωνα, τα οποία και παρέδωσε τελικά το 1829 στον Δημήτριο Υψηλάντη. Πολλά από τα οθωμανικά δημόσια κτίρια και κυριως τα τζαμιά κατεδαφίστηκαν. Ένας νέος καταστροφικός σεισμός, όμως, το 1870, ήρθε να συμπληρώσει την καταστροφή, γκρεμίζοντας όχι μόνο τα παλαιά οθωμανικά κτίσματα αλλά και αρκετά από τα σπίτια της πόλης, ενώ το γειτονικό Καστρί υπέστη μεγάλες ζημιές, γεγονός που επέτρεψε την απαλλοτρίωση και την έναρξη των ανασκαφών στον αρχαιολογικό χώρο των Δελφών δύο δεκαετίες αργότερα.