Toutefois, les Phocidiens n’auraient pas nécessairement réalisé leur identité nationale sans la pression des Thessaliens, qui ont parvenus à conquérir la Phocide en 595 av. J.-C., lors de la 1ère Guerre sacrée. La cause en fut la grande réputation et puissance qu’avait acquiert l’oracle de Delphes, qui se trouvait initialement sous le contrôle des habitants de Cirrha. Le contrôle de l’oracle allait influencer les décisions politiques et militaires qui ne concernaient pas seulement la Grèce mais aussi toutes les communautés grecques du monde connu de l’époque. Sous le joug thessalien, les Phocidiens se sont réunis et ont créé un état fédéral, la Confédération de Phocide, avec un bouleuterion commun (Phocicon) et une monnaie commune. Toutes les villes participaient à titre égal dans la confédération.  

Au total la Phocide comprenait 42 villes, dont 22 étaient les plus importantes: Lilaia, Erochos, Charadra (au Nord), Elateia, Tithorée, Amphicleia, Drymaia ou Drymon ou Drymos, Tethronio, Tritaia, Pedieia, Ledon, Aves, Iampolis (à l’est, près du Céphise béotien), Daulis, Panopeus, Flygonio (à Elikon), Steirida, Amvrossos (vers le sud, au pied du Parnasse), Krissa, Echedameia, Anemolia (vers la région des Locres Ozoliens) et les villes côtières de Cirrha, Antikyrra (possiblement identifié comme le Kyparissos homérique), Medeon et Voulis.  

Les sources mentionnent également les bourgs Polis Aiolidon, Apollonias, Evenos (possiblement près d’Elateia), Eranos (possiblement le Kyparissi contemporain), Kirphis (près de Delphes), Kleonai (près d’Iampolis), Lykoreia (à une grande altitude au Parnasse), Marathos (près du monastère d’Osios Loukas à Béotie), Oghi (site inconnu), Trachis (près de Chéronée), Iapoia et Phocicon (au sud de Dauleia). 

Des villes susmentionnées, les seules qui n’étaient pas doriques étaient Elateia, Iampolis, Steiris, Avès et Panopeas. La capitale de la Confédération de Phocide était Elateia. Les premières villes à frapper de monnaie furent Elateia, Lilaia, Antikyra et Ledon. Durant la période ottomane mais aussi lors des premières décennies de l’établissement de l’état hellénique, les périegètes étrangers se sont livrés aux efforts d’identifier les restes archéologiques de ces cités. Entre eux, certains appartiennent aujourd’hui à Béotie et d’autres à Phocide, alors qu’Elateia, la capitale de la Confédération, et Amphikeia se trouve à Phthiotide.  

La caractéristique des villes phocidiennes furent leurs fortifications puissantes, surtout du 4ème s. av. J.-C. Les Phocidiens ont établi Phocée, une colonie importante, sur la côte de l’Asie Mineure, en face de Chios. Ses habitants se sont avérés des navigateurs excellents et ont établi des colonies sur les côtes de la France, de la Péninsule Ibérique, de la Corse, mais aussi de la Mer Noir. Leur colonie la plus connue est Marseille.   

Les Phocidiens poursuivaient leur intention de contrôler l’oracle de Delphes tout au long du 5ème et pendant la plus grande partie du 4ème siècle, ainsi résultant à l’éclatement d’encore trois guerres sacrées, la 2ème, la 3ème et la 4ème.   

Suite à la prédominance définitive de Philippe II sur le territoire hellénique, la Phocide a suivi l’histoire du reste de la Grèce (cf. analytiquement “l’histoire des Delphes à l’époque hellénistique” et “l’histoire de Delphes à l’époque romaine).

La source la plus complète dont nous disposons sur l’histoire de la Phocide lors de la période byzantine est la Chronique de Galaxidi, un récit de l’histoire de la ville allant du dixième jusqu’au dix-septième siècle, écrit en 1703 par le moine Euthymios. Durant le règne de Constantinos Romanos (fin 10ème siècle) la région a subi les attaques des Bulgares. Des nombreux habitants furent massacrés ou asservis. L’épidémie de la peste a aussi provoqué une diminution de la population. De l’autre côté, Hosios Loukas  vit au milieu du 10ème siècle dans le monastère de la Phocide de l’est, qui a acquiert une grande réputation. La première petite chapelle où le saint fut enterré est rapidement devenue un lieu de pèlerinage, ce qui a incité le moine Philotheos de se procurer la fourniture impériale pour la construction de ce monastère majestueux qui porte le nom du Saint et qui se trouve, comme Delphes, dans la liste du patrimoine culturel mondial de l’UNESCO. Sa constriction nécessita du matériau de construction venant de la ville antique de Steiris.  

Au début du 13ème siècle, le roi Franc de Thessalonique, Boniface de Montferrat occupe la Phocide, établissant l’Autorité de Salona, dont la siège fut Amphissa dont il change de nom en La Sole. Le premier comte de Salona, Thomas d’Autremencour, construit un château très robuste sur l’acropole antique. Après un hiatus représenté par le retour à l’occupation byzantine (1210-1212) la région appartenait à la Principauté d’Achaïa, alors qu’à partir du 1278 elle est passé sous le contrôle du Duché d’Athènes. Quand ce dernier fut dominé par la Société Catalane en 1311, la Phocide et la Béotie ont suivi le même sort. En 1380 il est occupé par la société des Navarrins, alors qu’en 1397 l’ont attaqué les Turcs Ottomans de Beyazit 1er‘, invités toutefois par le chef local, qui voulait se libérer du joug étouffant des habitants de l’Ouest. En 1402, après la défaite de Beyazit par Tamerlan lors de la Bataille d’Ancyre, les Ottomans se sont reculés et la région est passé entre les mains du Maître de Mystras, Theodoros Palaiologos, qui l’a vendu aux chevaliers Joannites. En 1410 les Ottomans se sont redressés et ont finalisé leur occupation, qui allait durer pendant quatre siècles.  

Lors de la période ottomane, les habitants de la Phocide, région montagneuse et difficilement accessible, vivaient surtout par l’élevage et la garde des sentiers montagnards. En 1580 la région est touchée par un séisme très fort qui détruit une grande partie des antiquités de Delphes, ainsi que de nombreuses maisons et fortifications d’Amphissa et de la région tout autour. Malgré le statut relativement bénéfique de ceux qui s’occupaient avec la garde des sentiers sur la montagne ou, peut être à cause de l’autonomie relative qu’ils sentaient, on a vu des révoltes considérables dans la région, comme celle de 1687, quand le moine Philotheos et l’armatolos Kourmas ont parvenu à se libérer du joug ottoman pendant une décennie.  

Lors du 17ème et surtout pendant le 18ème et le 19ème siècle,  des nombreux périégètes étrangers ont visité la région, surtout afin de documenter et admirer le site archéologique de Delphes. Ce sont eux qui essayent de faire surgir de l’obscurité les antiquités et l’histoire des villes phocidiennes, ainsi contribuant à l’éveil national des habitants. Les Phocidiens répondent immédiatement à l’appel de la Révolution Grecque et le 27 mars 1821 les habitants d’Amphissa se sont révoltés avec Panourgias en tête. Le 10 avril les Grecs ont occupé le château de Salona et ils ont tué ses défendeurs ottomans. Des chefs importants de la révolution venaient de cette région, tels que Isaias, l’évêque de Salona, Panourgias, Dyovouniotis, Gouras, Trakas, Athanasios Diakos, et d ’ autres. En  1826, Kioutachi Pasha est parveu à reprendre Salona, qu’il a finalement remis en 1829 à Dimitrios Ipsilantis. Des nombreux bâtiments publics ottomans, et surtout les mosquées, sont démolis. Un nouveau séisme destructeur en 1870 est venu compléter le désastre, en détruisant pas seulement les bâtiments ottomans mais aussi des nombreuses maisons de la ville, alors que le village avoisinant de Kastri a subi des dégâts considérable, ce qui allait permettre l’expropriation et le début des fouilles sur le site de Delphes deux décennies plus tard.